正當少年紅要獨自出村，博士叫住了他，並告知草叢裏氣息著野生的。除非上邊帶著自己的精靈，不然會很危險，將少年帶到了他的研究所。
故事就這麽拉開了序幕,玩家所扮演的角色就是名叫紅/綠/藍的少年(當然妳也可以自己取名字),住在馬薩拉村。肯隨著博士到達研究所，同時業余上了博士的孫子，另以為名字叫紅/綠/藍的少年(當然也可以自己取名字，就起妳的情敵的名字吧)博士讓妳在他所擁有的三只精靈中任選壹只相贈（三只精靈分別為：小火龍、傑尼龜、和妙蛙種子，均能有兩次進化），選個妳喜歡的吧。挑好後，蛋蛋也選了壹只，並向我提出挑戰。作為開盤戰，不是很難，就當先試試戰鬥系統吧。而後他離開，但這只是開場白，以後他有的煩妳了。
辭別了博士，可以離村了。果然如博士所言，草叢裏確實藏有不少怪物，好好練壹下級吧。很快便來到了永恒村，在Shop裏，從店主手裏得到郵件。連忙趕回研究所將它交給博士，於是指令中多出壹項圖鑒，這意味著可以開始著手收集精靈的工作了。順便再去壹趟鄰居家，拿到小鎮地圖，可以正式出發了。
壹路向北行進，壹間大屋擋住了去路，只有通過常青森林才能找到出路。在森林裏會首次遇上怪物教練這種身份的人，而與之交戰是監視大多數怪物的重要手段，所以千萬不要錯過。
我走出了森林，發現已來到了尼維村。村裏建有壹座博物館，只要花50元就可以進去大開眼界壹番。另外我還發現有壹間物資標有GYM的記號，推門而入才知道這個世界的八位首領之壹就住在這裏。打敗了他，還得到34號機器以示鼓勵。在雕像出發現了對手的簽名，才知道他已先到壹步，並且也打敗了首領。此時村右的道路可以通行了，來到歐基米山腳下。洞門口有壹間POKE內會遇上壹個賣鯉魚王的，雖然以後可以通過其他方法得到，但人養的要比野生的長得快，但要多花500元，這是傳說中的鯉魚王，當前素質極差，攻擊力不過10，但至20級後進化為暴鯉龍，攻擊力非常強。
到了洞內，壹面戰鬥，壹面前進，雖然有點累，但收獲不小。途中所得各寶物中有壹名為月之石，能使某些精靈立即進化。在打敗這裏的首領後，他讓我從他身後兩塊古代物種化石中選壹塊（以後有大用處，妥善保管哦）。出了山洞（註意：皮卡丘版的在出洞之前要和突然出現的火箭隊火拼壹場，贏了才能出去），便是寶藍村。不出所料，第二位首領在此，上門去好好請教壹番吧。村子裏開有壹間自行車商店，不過絕對是買不起的（以後可以免費獲得）。
正要過村北的橋時，遇到了久違的對手，不免又要打壹番。幸好我級數比他高，仍然取勝。過橋後來到海角的小屋，見到了變成怪物模樣的正木。交談中得知他已造好壹架機器來使他恢復人形。答應幫助他後，正木走進那臺機器，而我去操縱桌上的主控電腦。壹陣嘈音過後，正木成功地恢復人形走了出來。為表感謝，他送給我壹張船票，回到寶藍村，發現右面屋門口的警衛讓開了路，進去瞧瞧。屋內壹片狼籍。詢問了主人後得知有壹人來搗亂，而後又打破了墻逃走了。我立刻追上去，果然在屋後發現壹個形跡可疑的人（火箭隊的），未談幾句就露出真面目，我毫不客氣地狠扁了他壹頓，還從他身上搜出了28號機器。
壹路往南看到了兩間屋子，不過通往隸棠村的路已被封鎖，先走地道吧。穿過隧道，再經過壹大片草地，到達枯葉村。村裏某尖屋內可得到兌換卷，立刻回到寶藍村，向自行車店老板出示，就會得到壹部嶄新的自行車，這樣走路就快多了。而村裏另壹間屋內則會得到釣竿，作用不用多說了吧，使用的方法就是對著水域使用道具“釣竿”拉。 村裏有壹個港口，這下子船票可以派上大用了。出示船票後來到壹條豪華的遊船上。船艙內的旅客有相當數量是怪物教練，小心應付(別忘了多買點藥）。在船長室門前的通道內再次遇到對手，戰鬥結束後再去找船長。耐心聽完他壹番話後，他很高興的把他珍藏已久的01號秘傳機器（剪切）給我我。離開船上岸，船起航了。將此寶物裝備上，便擁有了間切能力（作用：毀樹開路，使用方法：調出精靈指令，在所裝備的怪物處便會出現此指令）。還記得村裏有間Boss屋嗎？現在可以進去了。
由於擁有間切能力，可以去的地方很多。但我還是決定先去村右的山洞。穿過山洞發現有壹小屋，若目前怪物擁有種類已達10種，便可以從屋內人處得到05號密傳機器（能力：閃光，作用：發出耀眼的光芒。照量山洞）。再次回到寶藍村，往右出村，壹路經過9號，10號地區來到巖間隧道。洞內壹片漆黑，那就來點光吧。使用閃光，果然是壹片光明，找出口吧。所幸洞內並無首領，略費周折就出來了。
到了美麗的錫安村。村民們為悼念亡靈建造了壹座口袋妖怪塔。我從壹村民口中得知富士失蹤了，於是決定去找他。考慮壹番之後，我認為那座塔有很大的嫌疑。在塔的2樓得知要使塔內的幽靈現出原形，只有依靠西爾夫之鏟的力量。但這個寶物在哪兒呢？看來不會在這個村裏。我從西面出村，在8號地區發現了另壹條地道，並且通往玉蟲村。沿地道到達該村，在遊戲中心的櫃臺旁找到壹名精靈教練。打敗他，他會逃往樓上。調查墻上的那幅畫，發現是個隱藏的機關，開動後出現了壹條通往2樓的階梯。拾階而上，在某層打敗壹位怪物教練後再仔細盤問，他會乖乖地交出壹把電梯鑰匙。來到電梯內，選擇目的地4樓，而後打敗門衛，（註意：皮卡丘版的在這裏會遇到火箭隊，不過就他們的怪物對我來說只是小菜壹碟）就見到了首領神。壹番較量，勇奪西爾夫之鏟，趕快回錫安村救富士吧。
再次進入口袋妖怪塔，這下幽靈都露出了原形。在五樓通往六樓的階梯旁遇上壹個30級的幽靈，不過也壹樣被我痛打，嘻嘻，給妳個竅門，用超能系的招式打幽靈特別管用。在塔頂找到了失蹤的富士，壹起回到他家中，同樣有貴重物品相贈。這次是口袋妖怪之笛，有經驗的朋友應該猜到了作何用處。還記得錫安村南的水上棧道嗎？那兒有壹只貪睡的卡比獸躺在地上擋住去路，用笛子去吹醒它。這下它醒了，可也生氣了，免不了亂鬥壹陣。之後在路上的壹小屋內又得到壹支神奇的釣竿，比以前那把好用多了。
壹路來到石竹村，第5位首領在此“恭候”多時了。他的手下都是些好玩水晶球、故作神秘的變態。另外在BOSS屋內有壹個看不見的結界，我只有沿緊靠右墻的路從他背後繞過去才能與之交戰。如果妳擁有的精靈數量已達50種，則可去村口外屋內二樓，會得到壹寶物學習裝置，作用則是多得壹些經驗值，具體情況玩家可自己研究。
下壹個目的地是玉蟲村，左上角屋內可得02號秘傳機器，只有鳥類能裝備（作用：瞬間移動至曾去過得村莊的PC門前）。要玩遊戲中心的老虎機，就得先去壹趟酒吧，從壹酒鬼那兒拿壹只用來盛硬幣的口袋，再去遊戲中心櫃臺處購入硬幣就可以玩了。（先在遊戲中心裏仔細的搜索壹下，和每個人說說話，可以省下妳不少錢的哦）而中心隔壁屋內可憑所持硬幣換取相應道具或精靈。去村裏的SHOP中，壹直上到頂樓，貨架上***陳列三樣道具（都是很好喝的汽水哦）可以分別與屋內的人換取三種不同的機器，但要記得多買壹個第壹種的汽水備用（給精靈也是很好的藥哦）。
往右出村，將汽水交給警衛，這下他就放行了（貪汙？），於是我來到隸棠村。村裏有壹座高11層的大廈，在3樓會得到鑰匙卡，可以打開那些門。再次與對手、神交手，之後與屋內人交談，可得到魔球（只要拋出去，就能抓到精靈）。出了大廈，BOSS屋門前已無人阻擋，這下又有仗打了。村裏還有另壹間BOSS屋，不過是假冒的，若有興趣打敗裏面的首領，可從兩個精靈中任選壹個。
來到石竹村，去村上方狩獵區（必須進入），花500塊錢買入30個狩獵球去狩獵吧。這裏的怪物都不錯，值得壹提的是水池裏的迷妳龍，別看現在弱，待兩次進化後包管妳大吃壹驚，絕對值得培養。（攻擊力最高）還有不少其他怪物，是別處絕對沒有的，用心捕捉。對了，捕捉時***4項指令其中有餵餌，有石頭砸，對不同怪物必須采取不同手段才能順利捕捉（我的方法是不管三七二十壹，直接扔狩獵球）。在狩獵區內先找到壹副金假牙（十分有用），出來後把它交給POKE右側屋內的人，他很感激地把04號秘傳機器交給我（能力：蠻力；作用：力量爆發推動巨石；裝備：獸類），並讓我再去找狩獵區財寶屋內的人。只好再花500塊，找到後會得到03號秘傳機器（能力：乘浪；作用：下水；裝備：水生類），這下又有新地方可去了。
從村南下水，壹直遊到孿生島，穿過島上山洞。洞內機關須用精靈能力推動巖石，使之落到最下層，等到2塊都落下並阻住水流，就可以出洞了。另外洞內還有壹頭急凍鳥，動壹番腦筋爭取得到它！再次下水，遊至綠村，第七位BOSS就在此。村內的研究所，可將以前獲得的化石或琥珀通過壹系列高科技技術提取細胞培育出史前怪物，其中化石培育出的可進化。BOSS屋有鎖把關，先去屋左的樓內找鑰匙。那些雕像是用來控制門的開關的，反復擺弄，終於到手了秘密鑰匙，可以進BOSS屋了。打敗BOSS卡拉，沿上方水路回到了我的家。
現在該去哪兒了呢？對了，就是永恒村。還記得嗎？早就發現了的BOSS屋，但始終就是不讓進，現在總可以了吧。又是神！不過這次他及其屬下的實力確有提高，不可掉以輕心。打敗後別忘了再次交談，而後他就……消失了？！
至此，我們已經打敗了全部八位首領，但還不算完。向西北方的影子村走，路上會遇上對手。但他現在已不是我的對手了，輕松解決，嘻嘻。
到達宮殿後，向各衛兵依次亮出自己苦心戰鬥才獲得的各枚勛章之後來到迷宮內。機關同樣要推動巖石壓住才行，而仔細尋找會發現壹頭火焰鳥，終於到達影子村，這兒可購物、休息、很照顧玩家吧！在補充道具後，上路拉。
進入屋後門內，這兒是第壹道關卡。天啊，才第壹個就這麽厲害了。如果妳沒有50級以上的實力，就關機重來吧，好好練級，等到實力大增，再去挑戰，經過連續四道關卡後，就要和蛋蛋進行最後壹場冠軍爭奪戰了。經過壹陣天昏地暗的拼殺，終於打敗了對手的65級恐怖妖怪。這時博士趕來，宣布我成為了新的冠軍，之後就是大結局。
葉綠的!1.下樓,往上走,進草叢,後會被博士叫到研究所選精靈
2.對手會選壹個克妳的精靈,和他戰鬥
3.之後往上走,到達壹個新城市,去商店
4.再回研究所，和對手壹起得到圖鑒
5.往上走,會到達森林,再穿過森林
6.出森林後到達這個城鎮
7.然後去打GYM,之後從這個地點向右走
8.到這個地方,在穿過山洞
9.到達這個城市,再去打GYM
10.然後往上走，遇到對手，對戰,再連續打完壹堆訓練員後，到達壹個屋子
11.先和皮皮說話，到電腦前按A，後得到船票
12.從這個屋子進入，打火箭隊
13往下走，可以到達這裏，走隧道
14.出來後，往下走，可以到達這個鎮
15.在這個屋子裏，和老頭對話得到單車票，可以到剛才的城鎮換自行車
16.上船，可以得到特計01，後離開
17.教精靈特級1後，打GYM
18.穿過這個山洞，在壹個屋子裏的特計05（必須有10頁圖鑒）
19.再從這個地方出發
20.用特計5，穿過這個山洞
21.到達這個城鎮
22.往左走，到這裏，穿過隧道
23.到這個城鎮，從老奶奶那裏得到茶(百貨大樓右邊的房子)
24.進入，發現壹火箭隊成員，對戰
25.對海報按A，發現秘道，進去後打火箭隊，後從板木那得到西爾夫之鏟
26.然後打GYM
27.進入這裏，讓嘎拉嘎拉的靈魂升天（就是戰鬥）
28.上樓去打火箭隊後，和老伯對話，他領妳回家
30.然後到達這裏
31.然後進，打到樓頂，和老伯說話，得到大師球
32.然後去打GYM
33.在這個屋子裏可以得到飛擊
34.有兩條路可以到達這裏，不過每條路上都有卡比獸（用精靈之笛）
35.進入後需要拿到金假牙和浪擊
36.得到怪力，後打GYM
37.到鎮子下方，使用沖浪
38.後會登陸到雙子島，在深處發現急凍鳥
39.穿過雙子島會到達這裏
40.在這裏的最裏層得到鑰匙
41.然後去打GYM
44.出去後和壹個人對話，便坐船去新島，得到3個東西
45.在島上的溫泉處與老伯說話，得特計06
46.到第三個島，與上面騎單車的人戰鬥
47.對話後得到兩個道具
48.到左邊的森林，深處戰勝素利拍，之後回去得到徽章和壹塊石頭
49.後又回到剛才的城鎮
50.回到這個城市去打GYM
51.從這個地方出發，接受檢查，過山洞，後到達精靈聯盟
52.到達這裏後打4大天王
第壹個天王
鐵甲貝51級，白海獅52級，呆河馬52級，乘龍54級，迷唇姐54級
第二個天王
大巖蛇51級，沙瓦郎53級，艾比郎53級，大巖蛇54級，怪力56級
第三個天王
鬼斯通53，級耿鬼54級，大嘴蝠54級，阿柏怪56級，耿鬼58級
第四個天王
哈克龍54級，哈克龍54級，暴鯉龍56級，化石翼龍58級，快龍60級
冠軍
如果對手拿的是妙蛙種子,那麽是比雕，胡地，鐵甲暴龍，暴鯉龍，風速狗，妙蛙種子
如果對手拿的是水箭龜,那麽是比雕，胡地，鐵甲暴龍，風速狗，耶蛋樹，水箭龜
如果對手拿的是噴火龍，那麽是比雕，胡地，鐵甲暴龍，耶蛋樹，暴鯉龍，噴火龍
綠寶石的!
首先選擇男/女主角，妳的對手將是跟妳性別相反的人物。給主角起好名字後就可以進入芳園地區啦。
首先，妳會出現在天元鎮的壹輛小貨車裏。下車後，媽媽讓妳上樓去調整時鐘。調好後下樓，媽媽說博士就在這兒，讓妳去找他。來到隔壁的房間，上樓後調查壹個精靈球，妳的對手就會出現。對話後走出房子，往上離開天元鎮時，發現博士正被壹只針鼠追趕，他讓妳在旁邊的背包裏選擇壹只PM參加戰鬥，趕跑針鼠。
NO.001 草蜥蜴 草系
NO.004 小火雞 火系
NO.006 小水狗 水系
（註：對手會選擇在屬性上克制妳的精靈。）
趕跑針鼠後，博士會把妳選的這只精靈送給妳，並且要妳去103號道路找他的孩子，也就是妳的對手。穿過101號道路就是道吉鎮了，在右邊的屋子裏有個大嬸會送妳傷藥。道吉鎮上方是103號道路，在那裏擊敗對手後，回到天元鎮的研究所，博士會送妳圖鑒，對手也會給妳5個精靈球。離開研究所，媽媽還會送妳跑步鞋，之後就可以在前進的時候按住B鍵以2倍的速度跑步前進了。
穿過102號道路來到天元市，先去上方的訓練館。館主是妳的爸爸，對話的時候會出現壹個叫道夫的綠頭發男孩，幫他抓完感知獸後，爸爸會告訴妳，讓妳收集4枚徽章後再來這裏挑戰。離開天元市，在104號道路發現壹間無人的屋子，先不用理他，繼續前進。104號道路的上方是天元森林。在前進的途中會遇到天力公司的壹名職員，他被水之團的壹名小兵攔截了。擊敗小兵後會獲得壹個超級球。走出森林，還是104號道路，在這裏的壹間屋子裏可取得肥波鯨噴壺。繼續前進，抵達金水市。
以下是金水市訓練館的資料：
巖石系訓練館
NO.074 小拳石 12級
NO.074 小拳石 12級
NO.299 磁石怪 15級
走出訓練館，會遇到剛才的職員與小兵。上前對話後往右走到116號道路。在最右邊有條隧道，洞口有個老頭說他的小海鷗被水之團的人搶走了。進去後會看到剛才的小兵和小海鷗，擊敗他後會得到壹個超級球，把小海鷗還給老頭後就可以回金水市了。找到剛才的職員，他會帶妳到天力公司找他的BOSS，BOSS會送妳壹個導航機，還讓妳給壹個正在山木鎮、叫代後的人送信。之後在金水市下方會遇到對手，他會向妳挑戰。
回到天元森林下面的無人小屋，跟剛才的老頭對話，他會送妳到山木鎮。
以下是山木鎮訓練館的資料：
格鬥系訓練館
NO.066 腕力 16級
NO.307 阿薩那恩 16級
NO.296 拳擊兔 19級
挑戰完畢後往西北走，有個山洞，進去後跟裏面的礦工對話可得到秘傳機05閃光。山洞裏需要使用閃光，在深處即可找到代後，把信給他後會得到招式機47鋼翼，之後如果回到天力公司找BOSS還會得到學習裝置。再去找那個老頭，他會送妳去卡依市。
剛到達卡依市，會發現在水族館門前有許多水之團的人。在下方的造船廠二樓跟壹名老伯對話後，就可以進入水族館了。在二樓擊敗兩名小兵後即可離開卡依市。
在110號道路會遇到對手，以下是對手的資料：
小海鷗
無殼蝸牛
草蜥蜴 20級
擊敗他後可獲得探寶儀。繼續前進可到達銀葉市。在訓練館門前會遇到道夫，跟他對戰後才可以進入訓練館。
以下是道夫的資料：
感知獸 16級
以下是銀葉市訓練館的資料：
電系訓練館
NO.100 雷電球 20級
NO.309 疾電狗 20級
NO.082 三合壹磁怪 22級
NO.310 電氣狗 24級
在精靈中心右邊的屋子裏可獲得壹輛自行車，有快速自行車和跳躍自行車兩種，分別有不同的功能，以後可隨時來換車。在右下角的屋子裏可獲得秘傳機06碎巖。往左走是117號道路，這裏有飼養屋，可放精靈到這裏生蛋。繼續前進就到西達鎮了。
在西達鎮的上方有條隧道，把路上的巖石用碎巖劈掉後可獲得秘傳機04怪力。回到銀葉市，往上走來到111號道路，這裏有競速塔，上方是沙漠地帶，暫時還不能進去。往右走，在112號道路那裏有壹條火之捷徑，走過去後發現已經穿過了沙漠地帶。繼續前進，穿過113號道路後來到哈吉鎮。
哈吉鎮的左邊是114號道路，繼續前進會到達流星瀑布。在流星瀑布裏面會遇到水之團和熔巖團的人，對話後得知他們正在爭奪壹顆化石。之後回到112號道路，在火之捷徑的旁邊有纜車，乘坐纜車即可到達凹凸山的山頂。擊敗熔巖團的首領後可取得化石，之後可會哈吉鎮把化石交給之前在流星瀑布裏的那名研究員。
以下是熔巖團首領的資料：
惡嘯狗 24級
火山駱駝 24級
超音蝠 24級
下山後可來到飛音鎮。
以下是飛音鎮訓練館的資料：
火系訓練館
NO.218 無殼蝸牛 24級
NO.322 沙漠駱駝 24級
NO.323 火山駱駝 26級
NO.324 火山烏龜 29級
走出訓練館會遇到對手，他會給妳壹個躲避沙塵暴的道具，以後就可以去沙漠了。（註：在沙漠裏有壹座時有時無的虛幻塔，在裏面可撿到壹塊化石。）現在已經收集夠4枚徽章了，回到天元市，向爸爸發出挑戰。
以下是天元市訓練館的資料：
普通系訓練館
NO.327 圈圈兔 27級
NO.264 大針鼠 29級
NO.288 狂暴猴 27級
NO.289 大猩猩 31級
打敗爸爸後，道夫的爸爸會出現，並送妳秘傳機03沖浪。在這同時，之前開船的那位老頭也會回到家裏。去銀葉市，在右邊使用沖浪來到118號道路，在這裏會遇到代後。往上走是119號道路，這裏有高草，只能走路前進。在119號道路的最上方，有壹間氣象臺，裏面被水之團占領了。
擊敗二樓的Boss後，氣象臺所長會送妳壹只天氣小子。
以下是水之團小頭目的資料：
三色鯊魚 28級
惡嘯狗 28級
出氣象臺，過橋後會遇到對手，以下是對手的資料：
無殼蝸牛 29級
荷葉童子 29級
草蜥蜴 31級
打倒他後會得到秘傳機02飛天。繼續前進來到日川市。日川市的訓練館門前不知有什麽東西擋住，無法進去，只好繼續趕路。
在120號道路的橋上會再次遇到代後，他告訴妳那種透明的東西是隱身龍變的，並給妳壹瓶可令隱身龍顯身的噴霧劑，讓妳擊敗前面的隱身龍（30級）。回到日川市，對訓練館門前的隱身龍使用噴霧劑即可進去。
以下是日川市訓練館的資料：
飛行系訓練館
NO.333 彩雲雀 29級
NO.357 熱帶雷龍 29級
NO.279 海鷗 30級
NO.227 鋼鳥 31級
NO.334 大雲雀 33級
繼續前進，在121號道路會遇到熔巖團的人，來到阿田市後發現城市已經被水之團占領。在上方的百貨大樓門前會看到對手，在這裏可與對手進行聯盟比賽前的最後壹次比賽，以下是對手的資料：
香蕉葉龍 31級
無殼蝸牛 32級
海鷗 32級
草蜥蜴 34級
打敗他後，他就飛回家去了。在阿田市最右邊，發現入海口被肥波鯨封鎖，從水之團的小兵口中得知熔巖團大軍壓至落日山。在121號道路使用沖浪來到122號水路，水路中間的小島既是落日山。上山打敗熔巖團的人吧。
回阿田市通過小道消息打聽到在凹凸山異常現象，立即飛往飛音鎮，坐纜車上山。上到山頂後往下走，會有壹陣地震，之後在山腰上會出現壹個山洞，裏面就是熔巖團的秘密基地。在深處遇到熔巖團首領，古拉頓也在那裏。對話後要與首領對戰，以下是熔巖團首領的資料：
惡嘯狗 37級
黑蝙蝠 38級
火山駱駝 39級
對話後古拉頓逃跑，熔巖團首領也離開。
之後飛到卡依市，在上方的船廠裏發現潛水艇被水之團盜走。飛回阿田市，在右上方的水域裏可進入水之團的秘密基地，在深處發現水之團的首領已坐著潛水艇逃走。另外，在這個基地裏還可撿到壹個大師球。離開秘密基地，往右穿過124、125號水路，即可來到道谷市。
以下是道谷市訓練館的資料：
超能力訓練館（2 VS 2模式）
NO.278 天然鳥 41級 and NO.344 三合壹土偶 41級
NO.337 月神石 42級 and NO.338 太陽神石 42級
在道谷市右邊有壹所研究所，裏面被熔巖團占領。來到二樓，發現代後正被壹個小頭目和首領纏住，上前便可與代後組隊作戰，每人可用3只精靈。
以下是熔巖組資料：
火山駱駝 36級 and 惡嘯狗 42級
火山駱駝 44級 and 大嘴蝠 40級
黑蝙蝠 43級 and 惡嘯狗 38級
以下是代後的資料：
NO.375 雙臂恩古 42級
NO.227 鋼鳥 43級
NO.306 鋼甲暴龍 44級
打敗熔巖團的人後，去道谷市左上角的屋子，代後會送妳秘傳機08潛水。離開道谷市，在127號水路使用潛水，在水中壹直往下走，進入壹個洞窟，發現潛水艇就在這裏。上岸後擊敗路上水之團的人，來到深處，遇到水之團首領，還有海皇牙。對話後要與水之團首領對戰，以下是水之團首領的資料：
惡嘯狗 41級
黑蝙蝠 41級
大鯊魚 43級
回話後海皇牙溜走，首領也離開。離開洞窟，上岸後發現天氣大變，還會遇到兩個團的首領與代後。
遊到126號道路，使用潛水，在中間上浮，即可到達雙鹿市。古拉頓和海皇牙正在這裏戰鬥。與代後對話，他會讓妳進入覺醒寺。在覺醒寺深處找到Wallace，對話後他讓妳去天柱找他。離開雙鹿市，遊到131號水路，在水路的中間往上拐即可抵達天柱。在天柱頂層遇到天空之龍後，即可飛會雙鹿市。
回到雙鹿市，等天空之龍化解了災難後，可獲得秘傳機07登瀑，之後可以去打訓練館。
以下寺雙鹿市訓練館的資料：
水系訓練館
NO.370 心形魚 41級
NO.364 古拉海象 43級
NO.340 地震魚 41級
NO.342 鋼鉗螃蟹 43級
NO.230 海馬龍 46級
在128號水路使用登瀑即可抵達精靈聯盟前面的冠軍之路，在這裏需要使用秘傳機03、04、05、06、07才能過去。在冠軍之路1層會遇到道夫，以下是道夫的資料：
大雲雀 44級
超能女皇 45級
芭蕾玫瑰 44級
圓耳貓 43級
三合壹磁怪 41級
闖過冠軍之路後就抵達精靈聯盟了。門衛驗證妳擁有所有徽章後即可為妳打開勝利的道路。
以下是四大天王and冠軍的資料
天王1－Sidney，邪惡系天王
NO.262 惡嘯狗 46級
NO.359 災獸 49級
NO.342 鋼鉗螃蟹 48級
NO.275 天木狗 48級
NO.332 塔斯仙人掌 46級
天王2－Pheobe，鬼魂系天王
NO.356 黑乃伊 48級
NO.354失眠鬼 49級
NO.354 失眠鬼 49級
NO.302 地獄超人 50級
NO.356 黑乃伊 51級
天王3－Glacia，冰系天王
NO.364 古拉海象 50級
NO.364 古拉海象 52級
NO.362 巨頭冰怪 50級
NO.362 巨頭冰怪 52級
NO.365 海象牙王 53級
天王4－Drake，龍系天王
NO.372 龍龍貝 52級
NO.330 蜻蜓龍 53級
NO.230 海馬龍 53級
NO.334 大雲雀 54級
NO.373 血翼飛龍 55級
聯盟冠軍－Wallace
NO.321 巨鯨 57級
NO.350 美麗龍王 58級
NO.073 毒刺水母 55級
NO.272 荷葉鴨 56級
NO.130 暴鯉龍 56級
NO.340 地震魚 56級
打敗冠軍後，妳就成為了新壹屆的聯盟冠軍，之後Wallace會帶妳進入冠軍殿堂，記錄妳的精靈。之後就通關了。
通關後，妳會回到家裏。爸爸會給妳壹張船票，以後就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之後看電視，上面說有不明精靈在芳園地區飛行，媽媽問妳是藍水督還是紅水督，妳選擇哪只，以後就會遇到哪只水督。走出屋子，博士會幫妳把圖鑒升級為386版，之後在芳園地區就可以抓到金銀版的精靈了。
坐船來到戰鬥樂園，這裏是以前戰鬥塔的所在地，現已改建為更大的對戰地區……這裏有7種對戰設施，暫時不壹壹作介紹。在樂園的最右邊，會看到壹個奇怪的樹，對著它使用肥波鯨噴壺，就會出現騙人樹，40級。收服騙人樹後，在它擋住的地方使用沖浪，壹直往左走可進入壹個洞窟，在裏面有大量的畫畫犬。
暫時離開戰鬥樂園，在119號道路的氣象臺所長那裏得知，某號道路（隨機變化）的天氣有異常狀態，之後立即到那條道路。如果那裏是出大太陽，則要尋找壹個山洞，古拉頓在裏面；如果那裏下大雨，則要尋找壹小塊可以潛水的水域，裏面呆著海皇牙。兩只神獸各70級。
去天柱，2樓需要用快速自行車沖過去（3格加速）。在樓頂有70級的天空之龍。
看過電視後，在芳園地區的某條道路會隨機出現紅/藍水督，40級。
三神柱事件:
先去134路，和RS裏壹樣，到壹塊在急流裏可以潛水的地方，到洞底，閱讀墻上的文字，再使用挖洞（DIG），門會打開。進門，閱讀文字，把321號放在第壹位，把369號放在最後再讀壹遍，會發生地震，所有神柱的門會打開。
1.巖（377）：
他的洞在沙漠南邊，到了以後，閱讀墻上的文字，然後向左走兩步，向下走兩步，使用碎石（ROCK SMASH）門會開，等級是40
2.冰（378）：
他的洞在105路上，到了那裏後，閱讀文字，然後順時針圍繞洞跑壹圈（壹定要靠墻）跑完後，門就會開，40級
3.鋼（379）：
最後的洞在120路上，找到後，讀墻上的文字，走到房間中間，使用閃光門就會開，40級
當