1 雲霄飛車殺人事件 B/S 2 董事長千金綁架事件 3 偶像密室殺人事件 4 大都會暗號地圖事件 5 新幹線大爆破事件 6 情人節殺人事件◆ 7 每月壹件禮物恐嚇事件 8 美術館殺人事件 9 天下第壹夜祭殺人事件 10 足球選手恐嚇事件 11 鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件★ 12 步美被綁架事件 13 奇怪的尋親殺人事件 14 謎樣的訊息狙擊事件◆ 15 消失的屍體殺人事件 16 古董收藏家殺人事件 17 百貨公司挾持事件◆ 18 六月新娘殺人事件 19 電梯殺人事件◆ 20 鬼屋殺人事件 21 電視臺外景隊殺人事件◆ 22 豪華客輪連續殺人事件（前篇） 23 豪華客輪連續殺人事件（後篇） 24 喪失記憶的美女事件◆ 25 真假人質綁票事件◆ 26 愛犬約翰殺人事件◆ 27 小五郎同學會殺人事件（前篇） 28 小五郎同學會殺人事件（後篇） 29 計算機殺人事件◆ 30 不在場證明殺人事件◆ 31 電視臺殺人事件 32 咖啡廳殺人事件 33 偵探團生還事件◆ 34 山莊繃帶怪人殺人事件（前篇） 35 山莊繃帶怪人殺人事件（後篇） 36 星期壹晚上7:30殺人事件◆ 37 仙人掌花殺人事件◆ 38 赤鬼村火祭殺人事件 39 企業家千金殺人事件（前篇） 40 企業家千金殺人事件（後篇） 41 優勝錦旗被割事件◆ 42 卡拉OK廳殺人事件
1997年（43－85）
43 江戶川柯南誘拐事件 44 堀田三兄弟殺人事件◆ 45 敷面膜殺人事件◆ 46 雪山山莊殺人事件 47 健身俱樂部殺人事件◆ 48 外交官殺人事件（前篇） X 49 外交官殺人事件（後篇） S/X 50 圖書館殺人事件 51 高爾夫練習場殺人事件◆ 52 霧天狗傳說殺人事件★ 53 神秘兇器殺人事件◆ 54 電玩公司殺人事件 B 55 列車手法殺人事件◆ 56 清潔車殺人事件◆ 57 福爾摩斯迷殺人事件（前篇） X 58 福爾摩斯迷殺人事件（後篇） X 59 首次購物殺人事件◆ 60 插畫畫家殺人事件 61 幽靈船殺人事件（前篇）◆ 62 幽靈船殺人事件（後篇）◆ 63 大怪獸哥梅拉殺人事件 64 第三個指紋殺人事件◆ 65 螃蟹和鯨魚綁架事件◆ 66 夜路殺人事件◆ 67 舞臺女演員殺人事件◆ 68 暗夜男爵殺人事件（事件篇） 69 暗夜男爵殺人事件（疑惑篇） 70 暗夜男爵殺人事件（解決篇） 71 米花之狼殺人事件◆ 72 三胞胎別墅殺人事件 73 少年偵探隊遇難事件◆ 74 死神陣內殺人事件◆ 75 金融公司社長殺人事件 76 柯南VS怪盜基德★ K 77 名門連續慘死事件（前篇） X 78 名門連續慘死事件（後篇） X 79 銀行強盜殺人事件◆ 80 流浪畫家殺人事件◆ 81 當紅歌星綁架事件（前篇） 82 當紅歌星綁架事件（後篇） 83 綜合醫院殺人事件◆ 84 滑雪別墅殺人事件（前篇） 85 滑雪別墅殺人事件（後篇）
1998年（86－128）
86 誘拐現場特定事件◆（註：該集根據漫畫《名偵探柯南特別篇》第1卷改編，並非青山剛昌的原作） 87 白鶴報恩殺人事件◆ 88 德休拉別墅殺人事件（前篇）◆ 89 德休拉別墅殺人事件（後篇）◆ 90 花香殺人事件◆ 91 搶匪住院事件 92 恐怖登山殺人事件（前篇）◆ 93 恐怖登山殺人事件（後篇）◆ 94 雪女傳說殺人事件◆ 95 小五郎約會殺人事件◆ 96 走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件★ 97 離別美酒殺人事件◆ 98 名陶藝家殺人事件（前篇） 99 名陶藝家殺人事件（後篇） 100 初戀情人回憶事件（前篇） 101 初戀情人回憶事件（後篇） 102 古裝演員殺人事件（前篇） 103 古裝演員殺人事件（後篇） 104 盜賊集團別墅事件（前篇） 105 盜賊集團別墅事件（後篇） 106 新聞照片殺人事件◆ 107 鼴鼠星人之謎事件（前篇）◆ 108 鼴鼠星人之謎事件（後篇）◆ 109 偵探團大追擊事件◆ 110 烹飪教室殺人事件（前篇）◆ 111 烹飪教室殺人事件（後篇）◆ 112 帝丹小學七大離奇事件 113 白色海灘殺人事件◆（註：該集根據漫畫《名偵探柯南特別篇》第1卷改編，並非青山剛昌的原作） 114 有氧潛水殺人事件（前篇） 115 有氧潛水殺人事件（後篇） 116 推理小說家失蹤事件（前篇） 117 推理小說家失蹤事件（後篇） X 118 浪花連續殺人事件★ X 119 假面超人殺人事件◆ 120 蜜蜂雞尾酒殺人事件◆ 121 浴室密室事件（前篇） 122 浴室密室事件（後篇） 123 天氣預報小姐綁架事件◆ 124 神秘的狙擊者殺人事件（前篇）◆ 125 神秘的狙擊者殺人事件（後篇）◆ 126 旅行劇團殺人事件（前篇）◆ 127 旅行劇團殺人事件（後篇）◆ 128 黑衣組織10億元搶劫事件◆ B（註：部分情節來自漫畫第2卷，但主體案件為原創）
1999年（129－173）
129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★ B 130 競技場無差別脅迫事件（前篇） 131 競技場無差別脅迫事件（後篇） 132 魔術愛好者殺人事件（事件篇） K 133 魔術愛好者殺人事件（疑惑篇） K 134 魔術愛好者殺人事件（解決篇） K 135 消失的兇器搜索事件◆ 136 藍色古堡探索事件（前篇） 137 藍色古堡探索事件（後篇） 138 最終播映殺人事件（前篇） 139 最終播映殺人事件（後篇） 140 SOS！步美傳達的訊息◆ 141 結婚前夕密室事件（前篇） X 142 結婚前夕密室事件（後篇） X 143 疑惑的天體觀測◆ 144 上野出發的北鬥星3號（前篇） 145 上野出發的北鬥星3號（後篇） 146 本廳刑事戀愛物語（前篇） 147 本廳刑事戀愛物語（後篇） 148 路上電車緊急剎車事件◆ 149 遊樂園高空彈跳事件◆ 150 汽車爆炸事件的真相（前篇）◆ 151 汽車爆炸事件的真相（後篇）◆ 152 神秘老人失蹤事件◆ 153 園子危險的夏日物語（前篇） 154 園子危險的夏日物語（後篇） 155 水中鑰匙密室事件◆ 156 本廳刑事戀愛物語2（前篇） 157 本廳刑事戀愛物語2（後篇） 158 沈默的環狀線◆ 159 詭異的五重塔傳說（前篇）◆ 160 詭異的五重塔傳說（後篇）◆ 161 流經流水亭的殺機◆ 162 飛天密室 工藤新壹最初的事件★ S 163 月亮、星星與太陽的秘密（前篇） 164 月亮、星星與太陽的秘密（後篇） 165 少年偵探隊消失事件◆ 166 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（事件篇） X 167 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（疑惑篇） X 168 鳥取縣蜘蛛公館的怪事（解決篇） X 169 維納斯之吻◆ 170 黑暗中的死角（前篇） 171 黑暗中的死角（後篇） 172 復活的死亡訊息（前篇） 173 復活的死亡訊息（後篇）
2000年（174－218）
174 二十年的殺意 新佛尼號連續殺人事件★ X 175 慘遭四次殺害的男子◆ 176 與黑衣組織的再會（灰原篇） B 177 與黑衣組織的再會（柯南篇） B 178 與黑衣組織的再會（解決篇） B 179 咖啡廳卡車撞入事件◆ 180 紅色殺機的夜想曲（前篇）◆ 181 紅色殺機的夜想曲（後篇）◆ 182 九道門大搜查◆ 183 危險的食譜◆ 184 詛咒假面的冷笑★◆ 185 名偵探遇害記（前篇）◆ 186 名偵探遇害記（後篇）◆ 187 黑暗中傳來的神秘槍響◆ 188 危命的復活 洞窟中的偵探團 189 危命的復活 負傷的名偵探 X 190 危命的復活 第三種選擇 X 191 危命的復活 黑衣騎士 S/X 192 危命的復活 新壹回來了 S/X 193 危命的復活 約定的場所 S 194 意味深長的八音盒（前篇） 195 意味深長的八音盒（後篇） 196 看不見的兇器 小蘭的初次推理◆ 197 超級跑車的陷阱（前篇）◆ 198 超級跑車的陷阱（後篇）◆ 199 嫌疑犯 毛利小五郎（前篇） 200 嫌疑犯 毛利小五郎（後篇） 201 第十位乘客（前篇）◆ 202 第十位乘客（後篇）◆ 203 伊卡洛斯的黑色之翼（前篇）◆ 204 伊卡洛斯的黑色之翼（後篇）◆ 205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） 206 本廳刑事戀愛物語3（後篇） 207 太順利的推理◆ 208 通往迷宮的入口 巨大神像的憤怒★◆ 209 龍神山墜崖事件◆ 210 五彩傳說的水中豪宅（前篇）◆ 211 五彩傳說的水中豪宅（後篇）◆ 212 蘑菇、熊與偵探隊（前篇） 213 蘑菇、熊與偵探隊（後篇） 214 懷古飯店的神秘事件◆ 215 復仇海灘（前篇）◆ 216 復仇海灘（後篇）◆ 217 目暮警官塵封的秘密（前篇） 218 目暮警官塵封的秘密（後篇）