生化重地
代號紅色暹羅貓的犯罪集團在網上聲稱，在7天內會用從研究所盜取的病毒來實施進壹步的行動。這種病毒可通過呼吸，飛沫等傳染，使人身上起奇癢的疹子，持續高燒死亡率達80%且無藥可治。
此惡性事件自然是占了報紙的頭版頭條整個版面。拿著報紙氣到發抖的就是園子的叔叔-鈴木財閥的顧問 鈴木次郎吉了。這老頭大手筆華麗麗滴弄了條世界最大的豪華飛艇，並向怪盜基德發出了挑戰信。壹枚鑲鉆有名貴寶石-天空貴婦的戒指就放在飛艇內，我等妳放馬過來～老頭就指望著靠這能上個頭條啊，誰知還是被杯具了……
飛艇從東京起飛，到達目的地的大阪壹***需要6個小時。基德也很快地回復，我會在傍晚時分，從天而降，很輕松地獲得寶石。基德PK鈴木的好戲上演了……
除了柯南等人，鈴木還邀請了作家和電視臺的工作人員，希望他們能對這次PK有壹個詳盡的報道。
大家對豪華的飛艇贊賞不已，此時和博士聊天的柯南，忽然說起小蘭的時候，有壹次慌慌張張的跑來說，不好了不好了，那邊有壹個UFO啊～ 順著小蘭手指的方向望去，新壹看到空中漂浮著壹個碩大的飛艇……這壹橋段也成為了新壹和蘭兩人的小秘密。柯南還特意囑咐博士千萬別對蘭說。
在飛艇裏，鈴木很得意揚揚地請大家參觀，引起了基德的死敵，中森警官的不滿。寶石只是放在了壹個普通的玻璃櫃中，沒有加任何的安全措施。於是鈴木自信滿滿地揭示了安檢的秘密，並把中森給耍了壹頓。（這壹段超級搞笑） 指紋自動識別系統讓鈴木覺得，除了自己，別人是不可能接近寶石的，基德，妳這次絕對沒有勝算。
另壹邊蘭和園子也在竊竊私語。現在發現了，園子38地很有水準啊，每次都是恰到好處的38，呵呵。園子說起創可貼。她偷偷地在蘭的創可貼邊邊寫了壹行很小的字 新壹 LOVE。而蘭在不知情的情況下，把創可貼給了飛艇的壹個工作人員。當時步美快跑時差點摔倒，正好被身邊的工作人員壹把扶起才避免受傷，但是工作人員的手肘被劃破了，於是蘭就拿出了創可貼給他。（這壹陰差陽錯，為後面的劇情，挖了壹個大坑……）
眾人都散了，蘭壹個人來到寶石前，想再看看清楚。此時有壹個帥帥的年輕服務生也在。他對蘭說是自己偷偷離開崗位想來看看寶石。正要走時，蘭忽然看到他手臂上的創可貼。這怎麽可能？我的創可貼怎麽可能貼在不壹樣的人身上於是蘭壹把抓住了服務生的手：妳就是基德！！
此時，服務生很從容地撕脫面具，平靜地說：蘭，妳怎麽連我都認不出來了？定睛壹看，是新壹的臉……
這，這，輪到蘭暈向了。不可能，這不可能是新壹的。
蘭說，不要以為妳們長得像，我就認不出來。我絕對不相信。於是就動手去抓他的臉，但是沒有面具，確實是真臉。就在這時，中森警官帶著手下來到豪華觀景臺，蘭正準備向中森通知真相，忽然聽到“我和妳壹起來坐UFO啊。”看到蘭壹臉的驚愕，繼續，妳不記得了？小時候，妳把飛艇說成是UFO……蘭望著他慢慢地松開了手……（坑越來越大了……）
紅色暹羅貓打電話給鈴木說在飛艇的吸煙室中放了病毒試管並在飛艇內部安插炸彈，他們的目的就是要和鈴木鬥個妳死我活。聽聞這壹消息，大家都震驚了。中森立馬去吸煙室查找，果然在沙發下發現了開著蓋的病毒試管。沒多久，被邀請來的作家，臉和手都發了紅疹，並引發了呼吸困難，倒了下來。後繼，另壹個女服務生也出現同樣的癥狀。經查，這兩個人都去過吸煙室。於是中森立即命令將兩個人帶到醫務室，隔離起來，並封閉了吸煙室。正在大家慌忙成壹片的時候，柯南發現偵探團的3個小家夥不見了……用餐時，女服務員打了個噴嚏，元太正好經過她身邊。太危險了，萬壹感染到的話……必須要馬上找到他們。
偵探團偷偷去了飛艇的內部，想看個究竟。路過吸煙室時，元太偷偷開了吸煙室的門，看了壹眼，並沒有進去。柯南找到他們時，發現元太並沒有什麽異樣才松了口氣。正當他們準備返回時，紅色暹羅貓的壹支機動部隊偷襲進了飛艇，安裝炸彈。另壹支進入大廳，把所有人都控制在壹起。此時小哀及時地用呼叫器聯絡柯南，告訴他飛艇已被紅色暹羅貓控制。於是柯南先讓偵探團躲在暗處，自己去找炸彈。
我們厲害的柯南竟然還是個拆彈專家哦。三下五除二就把4個炸彈全拆了。拆到最後壹個，大功告成時，回頭壹看，啊喲，偵探團被逮了。於是被提溜著回到了大廳。
看到炸彈竟然被壹小毛孩給搞定了，紅色暹羅貓老大壹個震怒，隨手就把柯南扔出了飛艇外……媽呀，這可不是毛利大叔隨便甩甩的玩笑啊。嗚嗚，柯南沒救了……在大家的驚呼中，壹個身影壹閃而過，呼啦壹下，竄出了飛艇，直下三千尺，於是大家又驚呼：基德……！！！
後面的故事就簡單了。基德抱著柯南安全的落在了壹個公園的沙島上，完成了壹次華麗滴飛行，然後很閑情逸致地去餵羊吃草。
飛船繼續往大阪方向飛行。壹說到大阪，那麽我們那對甜甜蜜蜜的服部和和葉就該出場了。這次還有個小電燈泡，和葉親戚家的小朋友(居然想娶和葉當老婆？）。
柯南無奈地望著空中的飛船，發現遠處有壹輛警衛直升機。靈機壹動，開始和基德磨嘰磨嘰……
給目暮打電話，了解到那架直升機正是佐藤和高木駕駛的。正好來接我們壹下吧。
於是，柯南和新壹就坐上了直升機。（註意哦，是新壹哦……知道剛才都磨嘰點了啥吧）
新壹指導佐藤，如何將直升機開到飛艇的上方，並與其保持同速，佐藤還懷疑了壹下，沒想到還那麽專業啊……看到時機差不多了，新壹抱著柯南，對佐藤說了壹聲，我們就在這下了。呼的壹聲就魚躍了。佐藤和高木那個被雷得啊，眼珠都快出來了。新壹就是基德啊！！
重新回到飛艇的柯南和基德，說起了病毒感染。基德說他看到那個作家曾抓過蘭的手臂。不過既然病毒是飛沫傳染，那麽人體接觸應該沒有什麽大礙。在考慮進壹步的解決方案時，基德拿出了壹個小亮片給柯南。柯南笑了。基德，妳真的是有備而來啊……
柯南單挑猛烈攻擊
服部聯系到柯南，告訴他，紅色暹羅貓已經在網上發出警告，飛艇正帶著病毒駛向大阪。於是整個城市處於混亂狀態，所有的車站和公路上都擠滿了想往外逃的人，就連周邊的縣都有了避難的措施。幾乎每戶每家都空了。此時基德說，都空無壹人了，那可正是小偷下手的好時機啊。柯南的大腦中閃過壹道白光……而和葉家的小朋友聽到後說，現在家庭的防盜措施都很齊備啊，即使沒人在家也很安全啊。這時，柯南的大眼鏡終於泛白了，原來是這樣啊……
接下來就是敵我雙方的正面交鋒了。柯南真是厲害啊。麻醉針，滑板，充氣足球，強力跑鞋，伸縮背帶壹個沒落下，並且在寶石的展覽室成功地運用了鈴木大叔設的安檢措施。輕松地把敵人打個落花流水，自己毫發無損。
此時在大廳中，又出現了兩個感染者。壹個是電視臺的人員，他曾在吸煙室裏吸過煙，而另壹個就是蘭。被作家抓過的雙臂出現了紅疹，於是他們兩個被帶到吸煙室隔離起來。途中，被藏在暗處的柯南看到。怎麽會，怎麽連蘭都被感染到了？柯南感到隱隱的不安，蘭……
另壹方面，服部也從小朋友的話中悟出了什麽，騎上摩托，飛奔至大阪的周邊奈良縣。奈良是日本的古都，有很多古老的寺廟和文物。警察正組織廟中的僧侶轉移到安全的地方（怕被病毒感染），並轉移文物。
服部和和葉很從容地站在那群警察面前，服部說，妳們是警察是吧，那妳能不能說說妳們上司的名字啊？那群忙碌地警察並不理會服部，還說對方只是小孩子，不如直接幹掉……忽然，服部的身後亮起了聚光燈，奈良縣的警署老大以及全體警員站在了他的後面：現以盜竊文物罪逮捕妳們……
看到這裏大家大概能明白了吧，原來紅色暹羅貓所謂要對付鈴木大叔的目的是假的，他們的最終目的就是制造城市混亂，然後趁不備之時盜取國寶文物。
最後大家最關心的就是蘭了。柯南反復的左思右想，4個感染者中，3個都在吸煙室呆過，而蘭只是被作家抓過手臂。元太也開過吸煙室的門，吸入過吸煙室的空氣，並且感染者中的女服務員還在元太身邊打過噴嚏，但是元太卻沒有被感染……這是為什麽，為什麽？
經過壹番苦思冥想，柯南得到了答案，為了證實答案，他去了隔離室。果然，他的猜想是對的。將蘭帶回大廳後，柯南爬上了飛艇的頂，最終的策劃者就站在上面。
柯南在他面前揭開了所有的謎團：妳的目的就是制造全城混亂，然後盜取文物。其實妳們根本沒有盜竊到什麽病毒。妳們只是用了壹種特殊的漆料成分。這種成分可誘發紅疹。妳派手下事先在吸煙室內噴灑了壹些，所以凡是進入過吸煙室的人都起了紅疹。根本不是什麽通過飛沫傳播的。所以妳碰了蘭之後，她也會起疹。元太只是偷看了吸煙室，並沒有進入，所以他沒有接觸到，也就不會被感染。
於是雙方進行最後的生死搏殺。就當快要走投無路時，柯南看到了飛艇頂蓋的拉手環。終於趁兇手不備之時，迅速地將伸縮背帶套入拉手環，從背帶的搭扣裏放出了今年的最新武器，壹個超大無比的充氣足球，通過橋梁將飛艇降速，並且讓飛艇來了個90度倒垂，兇手落入海中。他自己自然是牢牢的抓住背帶，小菜壹碟啊。
飛艇倒豎，那麽船艙裏的人呢？沒事沒事。廳裏有兩個兇手的奸細，自以為勝券在握，就把所有人都綁在了欄桿上，就連鈴木大叔的狗狗都不例外。最後飛艇倒豎，被綁的人都動彈不得，而恰恰是沒被綁的敵人都摔暈了。哈。
不過鈴木大叔到底是有錢人啊，飛艇有自動控制技術，倒豎後，還能自動矯正飛行方式，又給正過來了。
這時，基德拿著戒指就大搖大擺的走了進來，呵呵，都被綁了呀，所以他也肆無忌憚了。中森那個咬牙切齒啊，呵呵。
哦哦，結局是不能忘了感情戲的。基德進來後第壹個就為蘭松綁，很輕描淡對蘭說，把大家都解開吧，哦，中森可要最後壹個才解哦。然後很帥帥地出了飛艇……當基德站在頂上，微光照出他的背影，蘭壹路奔去，壹下子從背後抱住了他：新壹，新壹……去自首吧，盜竊畢竟是犯法的啊。
基德托起小蘭的下巴
哇塞，基德差點沒背過氣去。然後他壹個華麗麗滴轉身，輕輕擡起蘭的下頜，很溫柔很溫柔地說，蘭，如果妳給了我最珍貴的，那我就去自首。於是兩個人越靠越近，越靠越近，直至月光下只有兩個緊挨的身影……
誤認為是新壹
哢……開始放職員表，片尾曲……我暈啊，不會是這結果吧……影院內壹陣騷然……看來大家都是同樣的心情啊。
終於播完了長長的字幕，後續後續。
柯南忽然發現蘭不見了，急忙跑到頂上，只看到兩個身影剛好分開……啊？來晚了嗎？
只見基德又壹個華麗麗滴轉身，飛向了無際的夜空……
小蘭： 餵！ 妳不是新壹吧？（柯南終於出現。。。；；）
小蘭：柯南。
柯南： KiD， 妳這小子！！
KID： 對， 其實我不是名偵探， 而是個小偷。 小偷做的事情就是偷東西， 如果可以的話 連少女的心也可以偷
園子： KID先生， 好帥啊。。
（KID 遠遠地飛走了。。。；；；）
小蘭：他已經做了自己想做的事情。。。。
柯南：做了什麽
小蘭：啊！！這是那個寶石嘛！！他真的還給了呀！（小蘭。。。現在重要的問題不在這兒；柯南都急成什麽樣子了。。）
柯南：小蘭姐姐，KID那小子 與妳做了什麽？
小蘭：做了，與新壹絕對沒有做過的事情了 怎麽了？
柯南：什麽嗎？到底是什麽 而新壹哥哥沒有做？！！告訴我！！
小蘭：其實 就是。。（小蘭看到柯南臉上的創口貼（新壹love））
小蘭：那我呢想做而做的嗎？所以妳別誤會！！
園子：什麽意思？
柯南：等等，小蘭姐姐！！
新壹絕對不會這樣做……蘭的手抓著放在她PP上的基德的手……
（漫長的片尾曲......）
M15制作決定！（各位歡呼吧！）
（全劇完）