中國提出自己的標準後，國外學者開始批判。但夏商周斷代工程才剛剛開始，我國的考古技術和理論水平還有待進壹步提高。自夏商周斷代工程正式出版《夏商周斷代表》以來，國內外對中國的批評聲不絕於耳。壹些外國人認為夏商周斷代工程有“政治背景”，認為中國政府在搞民族主義。壹些學者也懷疑該項目的“學術道德”。2000 ~ 2003年舉行了三次辯論。斯坦福大學退休教授倪德偉在《紐約時報》上撰文，斷言“國際學術界將把工程報告撕得粉碎”。但也有人認為，所謂的“國際學術界”壹直忽視中國本土的研究成果，對中國歷史沒有發言權。也有人說，既然西方社會可以把伊洛特戰爭800年後盲人藝術家的作品荷馬史詩作為正史，那麽質疑中國用科學方法計算的年表就是吹毛求疵。國外學術界常把荷馬史詩、聖經等藝術作品和虛幻的宗教教義視為信仰史。
中國政府並沒有屏蔽這些問題，關於這個問題的介紹和討論在網上隨處可見。中國政府也在這個問題上展開了大規模的辯論，提出各種理由來支持自己的觀點，支持工程師進行深入研究。國內外很多學者本著嚴謹審慎的學術態度，確實對這個項目的結論有些懷疑。壹些外國學者不認可中國政府的努力，認為只要這樣的研究得到中國政府的支持，就壹定有政治目的。有人說這些學者連發表的字都分不清楚，那他怎麽能說出三代人的年齡呢？不同意項目報告的大陸學者也被這些外國學者貼上“正義”的標簽，形容為“無法與政府對抗”。
沒有強有力的論據來證明這個項目是否失敗了。項目中的壹些成果也得到了國際學術界的認可，如張培宇的研究，但項目內部存在爭議。壹些背景復雜的中國學者認為，這類項目的成果不必經過世界上各種“背景復雜”的學者檢驗，只要在中國學術界獲得知識就可以了。中國學者不需要外人對歷史說三道四，更不能被各種目的的勢力阻撓。
2003年4月12日，在芝加哥召開了壹個關於年代測定項目的學術會議。美國史丹福大學宗教文化中心兼職研究員蔣·向大會提交了壹篇題為《關於西周研究的問題——夏商周斷代工程方法論批判》的文章，討論“工程”關於“與”年代的研究。蔣註意到“項目”使用了OxCal系列樣本程序，他說對OxCal系列樣本程序的計算方法只有68.2%的把握。
在《東亞史》中，Douglas J. Keenan發表文章質疑周懿王元年是公元前899年。本文對工程研究方法中的錯誤進行了詳細的質疑。文章提到:
.....最近的壹些研究計劃，包括中國國務院接受的研究計劃(指夏商周斷代項目)，都是基於公元前千年早期的壹個“天在丹”的記載。這些研究將這種奇怪的記錄解釋為日出時的日偏食。這種解釋看似合理(黎明開始時，天空因為日食而變暗，然後又升起)，但並不確定。很少有日食在日出時覆蓋太陽表面，並且大到足以使天空大大黑暗。公元前21，899年4月26日日出時確實有壹次日食，這些研究計劃將這次日食與這壹奇怪的記錄(指周懿王的第壹天)對應起來。
計算表明，公元前899年的日食使主觀亮度(人類觀察者感覺到的亮度)降低了不到25%。為了證明這樣的亮度降低可以給觀測者“又是某壹天”的感覺，有研究人員對1997日出時觀測日偏食的觀測者進行了調查。而所有的觀測者都位於亮度降低不到10%(這些地方的觀測者沒有感覺到“天空又亮了”)或者亮度降低超過80%(這些地方有“天空又亮了”的感覺)。從這些數據中，研究人員得出的結論是“主觀亮度降低超過10%會造成‘某壹天’的感覺。這個結論是完全沒有根據的。事實上，漂浮的雲經常會降低25%的主觀亮度...
此外，這篇論文還質疑了下壹次月食計算的正確性。
另外，有人根據日食路線圖做了壹個調查，發現日食帶的西端在4月21，899日早晨的山東省，陜西省不可能再看到天空。10月6日上午1，8765438，可以在正地看到另壹天的天文景象。
2007年3月，《考古》雜誌發表了朱的文章《姚公貴與唐在晉》，文中介紹了香港私人收藏的西周青銅器姚公貴，題詞為“唐拜晉魏王二十、八年”。
碑文如下:“(姚)夫之妻姚琨，奉王命，應在晉，唯王二十八。”
從筘的形制和銘文特征來看，該器的完成時間似乎不會晚於西周中期早期。那麽，顯而易見，“王於禁”的“王二十年八祭”應該是他在位的二十八年。
從夏商周斷代工程的成果來看，成王用了22年，康王用了25年，都不到28年。因此，姚公貴壹出來，斷代工程的成果就被否定了，王乘或康王的任職年限也不得不修改。
陜西眉縣出土青銅器後，有專家說:“我們把斷代工程稱為階段性成果，似乎是對的，否則會很麻煩。”2003年4月4日至7日，美國亞洲研究學會年會在美國華盛頓舉行。會議特別邀請“工程”學者赴美討論。在中國參加會議的有“項目”專家組組長李學勤，考古學家張長壽，碳-14專家邱世華，天文學家張培宇。這場討論的中心問題始終圍繞著“工程”的西周年表研究。許多海外學者對“項目”的結論提出口頭和書面質疑。這裏舉幾個例子:第壹，“分割線”理論出來的比較晚，大概是在東周各國形成之後，不可能有西周時期與周朝相匹配的“鶉火”概念。所以西周時期不能用“分割線”說。第二，青銅器銘文“李潺”中的“年”字更可能是“年”，而不是“年星”。第三，“工程”否定公元前1044年，選擇公元前1046年作為尚可年齡的天文依據，不符合王國維金文月相“四分法”，而“四分法”是學者普遍認可的。第四，“計”不以現代竹書編年史中西周的記載為依據，盲目斷定為偽造，但學術界對其真偽尚未有定論。第五，“項目”使用的碳-14的計算程序只有68.3%的置信度。第六，“項目”對壹個晉代侯墓的碳-14進行了測量，得到了幾個差距較大的數據，而“項目”在不同的論文中使用了不同的數據，似乎有漏洞。
此外，壹些海外學者對“工科”的學術道德也有質疑。例如，芝加哥大學的愛德華·沙烏格內西教授問:“公元前899年的周懿王日食是簡體版的關鍵年份之壹，中國的報紙和電視都廣泛報道了這壹事件。但在國外，早已有人指出這次日食及其對西周的意義。壹些海外學者覺得《簡化版》完全不提國外的學術成果，缺乏壹定的學術道德。”此外，美國學者大衛·潘克尼耶在20世紀80年代初通過天文研究提出武王征服的日期為公元前1046年，但簡化版對此只字未提。沙烏格內西的批評是有道理的。是的，甲骨文專家董作斌早就指出“天又升起”是黎明時分的日食，並將這壹天文現象的年代定為公元前966年。後來朝鮮學者方在1975年發表的論文中進壹步指出，公元前966年是錯誤的，正確的年代應該是公元前899年。
由於華盛頓會議時間有限，與會的“工程”學者未能對上述所有問題作出充分回答，但李學勤強調，“工程”的學術觀點不受政府主導，完全由學者決定。他有必要堅持“立項”，實行“民主集中制”，因為“我個人從來不認為科學真理有時掌握在少數人甚至個人手中”。至於“另壹天”的問題，李雪芹解釋說，“簡本”篇幅有限，未能列舉前人的作品。張培宇承認關於“田在丹”的報道是不恰當的。
邱世華進壹步介紹和講解了碳-14的背景知識。小澤賢治還批評該項目將武王的砍伐年份設定為公元前1046年，而不是根據“年在鵪鶉火”設定的公元前1027年。原因是中國確定金木水火土五行的年代是戰國時期，所以不能認為這句話中的“年”就是木星。2003年4月12日，這場辯論的熱情和效果遠遠超過了前兩次，甚至出現了辯論的驚人高潮。在批評“工程”的學者中，斯坦福大學宗教文化中心兼職研究員姜提交了壹篇題為《對西周研究的質疑——夏商周工程方法論批判》的文章(以下簡稱“姜文”)。《江文》最重要的內容是討論“武王尚可”時代的“工程”研究。《姜文》作者註意到“項目”使用了OxCal系列樣本程序，他特意向牛津大學要了這個程序，並用它來核對“項目”公布的為數不多的碳-14數據。這樣壹來，他計算出的年齡的置信區間就遠大於簡本出版的“擬合”數據。“姜文”說，OxCal程序系列樣本計算法可以獲得較窄的置信區間，但只有68.2%的置信度；這個計算程序的準確性受到了國際碳-14學者的批評。
為什麽「工程」不用其他置信度為95.4%或99.7%的方法？姜文分析，原因是後者的置信區間比前者長壹兩百年，達不到“工程”領導規定的“碳14數據精度應在正負20年左右”的要求。但選擇置信區間較小的計算方法，可以將武王發作的年齡降低到幾十年，從而排除44種說法中的大部分。換句話說，“工程”寧願犧牲其方法的可信度，以排除更多的觀點。
“姜文”還指出，“項目”所依據的OxCal程序的系列樣本計算方法並不代表國際公認的樹輪校正方法。碳-14的國際專家曾指出，這種算法的過程摻雜了人工成分，得出的年齡並不準確。其人工構成是指C -14的專家需要提供的考古“系列樣本”，即壹組分期明確、各時期上下年代的考古樣本。但是考古學家很難提供這麽精確的樣本，也很難做到，但是有很多猜測或者人為的成分。《姜文》以李希“工程”考古報告為例。“工程”斷代法以西周諸王命名西李所有文化層，如:第壹期為“文王遷李，吳王伐吳”，等等。這種測年方法叫做“區間法”。《姜文》的作者曾在李希主持過壹次考古發掘，他的報告發表在1992。他所使用的斷代方法稱為“漸進序列”，即所有文化層都標有大致的年代範圍，如:第壹期為“前周期”。兩者的區別在於，“區間法”要求每個時期在具體年份有明確的上下邊界，相鄰時期必須在時間上相互脫節，不能錯開；而“循序法”則沒有這樣的要求，只是標註了壹般朝代的早、中、晚三個階段。姜文強調，在商周考古中，“工程”的“分區法”是非常不切實際的，因為出土的陶器、糧食、木材等物品並沒有隨著新國王的登基而發生變化。此外，從下層取得的樣品不壹定代表該層的年齡。例如，棺材的木材可能是過去準備的，而不是在死者去世的那壹年砍伐的；因此，其碳-14數據不能視為其所屬的文化層。
姜文的結論是，創立所謂“工程”的“多學科研究”，主要是利用非書證的研究來解決西周的問題。而在考古地層劃分、出土陶器分期、年代誤差等方面使用了數百年的碳-14技術，對史前考古很有幫助，不能應用於西周年代學的研究，需要具體的年代要求。從學術角度來說，姜文對“工科”的批評有理有據，非常客觀。“工程”犯的錯誤不是從學術角度，而是從方法論角度，這是致命的。
會上，江向與會人員口頭介紹了自己文章的要點(李學勤缺席，華盛頓會議結束後回國)，並用自己的計算機和OxCaI測序程序現場復核了“項目”公布的碳-14的部分數據，結果與“項目”明顯不同。邱世華同意江的質疑，並表示他個人對簡版中的碳-14數據有疑問。張長壽還明確表示，他個人同意姜關於李西部考古分期的意見。在場的沙烏格內西教授對此感到震驚。他氣憤地問:既然如此，基於碳-14的西周年表和西李考古還有效嗎？參加會議的(曾任“工程”秘書，現為芝加哥大學博士生)於2002年5月24日在國內的《中國傳統報》上介紹了會議內容，其中還報道了“工程”專家同意江的觀點。該報道立即在國內學術界引起軒然大波。兩個多月後，《中國文物報》於8月16日發表了壹篇名為《美國之行問答——關於夏商周斷代工程》的文章，作者蘇慧在采訪相關專家後撰寫，稱張立東的報道不符合事實，“在關鍵環節引起讀者誤解”。例如，據和邱士華回憶在芝加哥的那次會面時，他說，“江要求用計算機當場核對資料。根據我提供的條件，發現只差1年。我笑著說，‘有可能再算壹次會有2年的差別，但都是在誤差允許的範圍內，說明不了什麽。“當時參加芝加哥研討會的幾位學者說，他們聽說過邱士華同意江的觀點，他們對邱士華這種漫不經心的態度感到驚訝。
被姜文批評的《九七發掘報告》作者許也有類似的表現。在《中國文物報》上，徐辯稱他在報告中使用的分期術語是“時代大約相當於某個國王時期”，但姜文引用時，他“全部刪除”。並考證了《發掘報告》，原文為:“第壹期:推定時間為文王遷李至伐”，第二期:推定時間為至西周初年成王前期。所以姜文的引用完全忠實於原文。從邱士華在講座上對自己發言的否認，到許對發表的文字的否認，壹些學者對壹些“工科”主要學者的學術能力和態度產生了懷疑。
美國漢學家
2013，13 10月初，美國芝加哥大學東亞語言學系教授夏漢儀在剛剛結束的臺北中研院第四屆國際漢學會議上，對“周斷代項目”提出質疑，並斷言該項目“復雜版”未來不太可能出版。“夏商周斷代工程”首席專家、清華大學教授李學勤回應稱，有爭議是正常的，“復本”正在修改，過壹段時間就會出來。
夏漢儀教授的《夏商周斷代工程十年後的批判:以西周諸王在位年為例》摘要中寫道:“夏商周斷代工程是1996-2000年中國古代文化史上的壹項重大研究工程。根據該項目的統計，它包括了200多名跨學科的研究人員，並且幾乎每天都在學術和流行報紙上發表。2000年底，夏商周斷代工程出版了《夏商周斷代工程1996-2000階段成果報告——簡本》(以下簡稱“簡本”)，並承諾近期出版大型的“復本”。“簡化版”出版已經十年了，“復雜版”還沒有出版，恐怕以後也不太可能出版了。盡管如此，全面回顧夏商周斷代工程的時機已經成熟。本文是初步的反思。”
愛德華·l·肖內西(Edward l. shaughnessy)說，這些竹簡只是為夏商朝提供了壹個大致的框架，為後來的商朝提供了絕對的日期，但承認這些日期不壹定準確。而對於西周，則完全不同，從王到死於驪山腳下的幽王，這就為西周12位君王的在位提供了壹個絕對的年代。
夏漢儀認為，“簡本和任何古代史書記載的西周諸王在位年數，都沒有統壹的方法。如果能在古籍中找到支持，可以引用。如果妳找不到支持，妳可以拋棄他們。這顯然與壹般的歷史方法不符。除了吳王、商王的年號依據《逸周書》等傳世文獻，伊王元年依據《竹書》中“天復正始”的記載外，簡牘所載西周諸王的年號基本上是根據當時出版的63篇金文所載的年代記錄來劃分的。簡本提出的年代框架和分期不僅不能容納近年新見的青銅器銘文，而且原63件青銅器的分期也有幾處重要錯誤。簡化版的依據錯得離譜，連編年框架也丟了。”
李學勤:有不同意見很正常。
“周斷代項目”首席專家、清華大學教授李學勤表示，因為沒有看到夏漢儀的論文，所以無法做出具體回應。夏商周斷代工程節略版出版以來，我聽到了很多不同的意見。不久前去世的華僑學者何炳弟就是其中之壹。作為壹個階段性的學術成果，我們並沒有期望它是最終的，有爭議是正常的。"
李學勤說,“周斷代工程”報告的復雜版本還沒有出來，草稿還沒有定稿。“因為我們有很多數據，需要非常精確，所以花了很長時間。另外，還有很多新材料、新數據，要補充，同時吸收壹些學術觀點和意見。由於‘簡化版’出版至今已有十余年，傳統版和繁體版之間會有壹些差異。然而，這份報告是到2000年的，這是基於我們在2000年所做的工作，因為我們在結束後不會做其他工作。過段時間會出無數本書，估計之後會有爭論。科學工作就是這樣。”