1907期間，大連自然博物館的前身是日本侵占中國東北後，由日本“南滿鐵路株式會社”創辦的“地質調查所”。
1923年，研究所在收集了大量東北各地的自然標本和資料後，增設了陳列室，主要陳列巖石礦物和部分古生物標本，並標明標本的產地、儲量、開采價值和用途，僅供日本少數上層人士觀賞和研究。
1926年，由於陳列標本種類和內容的增加，不斷擴大采集標本的區域，涵蓋了東北和蒙古的多種資源，陳列室改為“滿蒙資料參考館”，同年正式對外開放。
1928“滿蒙資料參考館”在原建築的兩翼和後方擴建至2000平方米，進壹步收集了歷年來從東北、蒙古、西伯利亞、歐美等地采集的巖礦樣品，以及農、牧、林、水產養殖的實物樣品和圖文資料。同年165438+10月成立“滿蒙資料參考館”，用於科研和欣賞。
1932除展示原有資源標本外，增加了東北、蒙古等地的民俗內容，館名改為“滿洲資源館”。
1945大連解放後，8月23日，中國長春鐵路公司接管該館，更名為“東北方誌館”。中昌鐵路研究所委托蘇聯地質專家葉戈羅夫擔任策展人，對原展覽進行了整修。
1950 165438+10月，中長鐵路局將此博物館移交大連市人民政府文教局管理，同時將博物館名稱改為“東北資源博物館”，豐富和調整展示內容，主要展示東北地區的自然資源和建國後的新成就，成為對廣大人民群眾進行愛國主義和社會主義教育、普及科學知識的文化陣地。
1959年，抗戰勝利14周年紀念日，正式命名為“大連自然博物館”，並邀請時任中國科學院院長的郭沫若先生親筆書寫博物館名稱。大連自然博物館是中國的自然歷史博物館。分為新舊博物館。老館建築面積5100平方米，展覽面積2470平方米。建築為俄式建築，建於1900之前。它原本是俄羅斯帝國占領大連時的市政廳。1925年3月擴建為滿蒙資料參考館，1926年更名為滿蒙資源館，1931年底更名為滿蒙資源館。1945隸屬於中長鐵路大連支線，命名為東北資源博物館。1950由大連市人民政府正式接管，1959更名為大連自然博物館。1995為實施科教興市戰略，保護自然和文化遺產，市委、市政府決定遷建新館。新館建成並向公眾開放。
新館位於大連市沙河口區黑石礁西村街40號(星海公園西側)。它坐落在美麗的黑石礁海邊，建築面積1.5萬平方米，展覽面積1.0萬平方米，三面環海，四面怪石。這座新建築是典型的現代歐洲風格。藍色的屋頂映襯著碧海藍天白雲，景色宜人。博物館現收藏各類動植物、古生物和巖石礦物標本20多萬件，其中大型海洋哺乳動物標本是博物館的突出特色。館內有12展廳，包括地球、恐龍、海洋生物、東北森林動物、濕地、物種多樣性等。展廳內的觸摸式多媒體電腦、大屏幕彩電、中央空調、樓宇自動化、安防監控等高科技硬件設備，為觀眾營造了便捷舒適的欣賞環境。此外，還有供觀眾休息觀海的休息室、進行學術討論等文化活動的多功能廳以及商店、餐廳等服務設施。大連自然博物館是壹座集地質、古生物、動植物標本的收藏、研究和展示為壹體的綜合性自然科學博物館。其前身成立於1907。新館是壹座現代歐式建築，坐落在美麗的黑巖礁海岸，建築面積1.5萬平方米，展覽面積1.0萬平方米。它是中國唯壹壹座海域面積達27萬平方米的博物館，在國內外享有很高的聲譽。
大連自然博物館擁有各類標本近20萬件，珍貴標本6000多件。館藏以海洋生物標本和熱河生物群化石為特色，其中海洋動物20余種，種類和數量為國內自然博物館之最，其中重66.7噸的黑露脊鯨標本為中國獨有，亞洲罕見。熱河生物群的化石標本是中國最多樣、最有特色的，其中壹窩鸚鵡嘴恐龍化石是世界上唯壹的，數量最多，保存最完整，震驚世界。關於其研究成果的論文已經發表在Nature》上(2004年9月431，2004)。
大連自然博物館有12展廳，包括地球、恐龍、海洋生物、東北森林動物、濕地、物種多樣性、遼西古生物化石等。走進序廳，壹幅長22米、高3米的巨型浮雕將自然與人藝術地完美結合，氣勢磅礴；恐龍展廳內40米長的巨幅半山水畫和栩栩如生的恐龍生態模型，演示了恐龍產生、發展、滅絕的全過程，讓觀眾直觀了解恐龍及其生存環境；遼西珍稀精美的古生物化石，仿佛在無聲地向人們講述著發生在億萬年前的神奇故事，讓我們對生命的進化產生無限遐想，對未來產生深刻思考；在物種多樣性展廳，觀眾按下按鈕就能聽到來自大自然的近30種鳥類的歌聲；走進東北森林動物展廳，就像進入了茂密的原始森林，各種各樣的動物聚集在妳的周圍，讓人感嘆要愛護自然，保護野生動物。觸摸式多媒體電腦、大屏幕彩色電視機，以及中央空調、樓宇自動化、安防監控、數字自動解說系統等高科技硬件設備，為遊客創造了便捷舒適的環境。此外，還有學習、講述、討論等文化活動的多功能廳，供遊客休息觀看的休息室，以及購物、飲食等服務設施。參觀大連自然歷史博物館，不僅可以增長自然科學知識，還可以領略大自然的獨特風光，聆聽被片片黑礁和小石林環繞的大海與巖石的對話。
大連自然博物館的展覽水平是先進的。新館展覽先後獲得2000年全國十大優秀展覽獎、最佳新材料新技術應用獎、2001大連市科技進步壹等獎。遼西化石研究獲2005年大連市科技進步壹等獎，2006年大連市文明單位，2000年首屆大連市十大環保景點，2002年大連市旅遊先進單位。2003年，作為東北地區唯壹入選的博物館，參加了在法國舉辦的中法文化年。2002年獲全國青少年科技教育基地，2005年獲全國科普教育基地，2005年獲大連市優秀科普教育基地，2005年獲全國野生動物保護科普教育基地。大連自然博物館正以嶄新的面貌熱情歡迎海內外各界朋友。