1.防黴和防黴:
大氣中有大量的黴菌孢子，如散布在藥材表面，在適宜的溫度(25℃左右)、適宜的濕度(空氣中相對濕度在85%以上或藥材含水量超過15%)和適宜的環境(如避光、不透風的場合)及充足的營養條件下，萌發成菌絲，分泌酶，分解、溶解藥材。
防止黴變的主要途徑是保證藥材的幹燥。藥材儲存後應防潮、防熱、通風。對於發黴的藥材，可采用刷洗、烘幹等方法簡單去除黴變；如果黴變嚴重，可以用水、醋、酒等清洗。然後幹燥。
2.吃蟲和防蟲:
吃蟲對藥材影響很大。對於大型藥材倉庫，重要的是使用氯化苦、磷化鋁等化學品熏蒸，預防和消滅害蟲。對於小型藥材倉庫，除了農藥，還可以采取以下措施防蟲。
2.1封口方式:按件封口，選擇合適的容器，用蠟或塑料封口。怕熱的藥材可用幹沙或米糠掩埋密封；精細藥材可充二氧化碳或氮氣密封。
2.2冷藏法:如果溫度在5℃左右，藥材不易蟲蛀。所以可以采用冷窖、冷藏等幹燥冷藏方式。
2.3抗衡法:這是傳統方法，對少數藥材比較實用。
比如澤瀉和牡丹皮壹起存放，澤瀉不生蟲，牡丹皮不變色；
將花椒放入蘄蛇中；鹿茸裏放樟腦；栝樓、蛙油酒等。不要引起昆蟲。
3.藥材的其他變化及預防
3.1變色:酶引起的變色。如果藥材中合成成分的結構中有酚羥基，在酶的作用下會氧化聚合形成大分子有色化合物，使藥材變色。比如含有黃酮、羥基蒽醌、鞣質等藥材，所以容易變色。
非酶變色的原因比較復雜:或者是由於藥材中所含的糖分以及糖和酸的分解作用，使糠醛及其同類化合物與壹些含氮化合物縮合形成褐色色素；或者由於藥材所含蛋白質中的氨基酸與還原糖反應，生成大分子棕色物質，使藥材變色。另外，還是因為壹些外界條件，比如溫度、濕度、陽光、氧氣、農藥等。，大多與變色速度有關。
防止藥材變色的方法有:幹燥、避光、冷藏。
3.2泛油:泛油是指油性藥材泛在藥材表面的油質和部分藥材經潤濕變色後泛在藥材表面的油質。
前者:如柏子仁、杏仁、桃仁、郁李仁(含脂肪油)、當歸、肉桂(含揮發油)。
後者:如蘆筍、人參、枸杞等。(含糖)。
藥材的“泛濫”除了油性成分的損失外，往往還與藥材的變質有關。
防止“油泛”的重要途徑有:冷藏、暗儲。
此外，板藍根的壹些顆粒物質由於其化學成分的自然分解、揮發和升華，不能長期儲存，所以要特別註意儲存期。例如，儲存時間長的松香在石油醚中的溶解度降低；明礬、芒硝存放時間長，容易風化失水；長期存放的洋地黃和麥角的有效成分容易分解。
4.大部分珍貴的中藥材易受蟲蛀，不易保存。
如果存放方法不當，很容易變質，失去藥效。
大多采用冷藏(-5℃)保存，效果最好。
低溫保存不僅能殺滅蛀蟲，防止黴菌的生長繁殖，還能防止中藥材變色。當藥材發黴變質，或大量生蟲結塊時，不宜入藥。
4.1燕窩:
燕窩不宜暴曬。
陰幹或吹幹後，放在通風陰涼幹燥處；也可以用雙層塑料袋密封，放入冰箱冷凍。
4.2人參:
有紅參和白參。
紅參:不易被蟲蛀，但壹定要曬幹。晾幹時用白紙蓋好，以免變色。可以密封保存在木箱或瓷瓶中。
白參(曬參或糖參):容易得蟲、黴變、變色。
蟲蛀經常發生在主根和根莖(蘆葦頭)的上部。
已經受潮的要及時晾幹，密封在瓷瓶裏，才能堅持原來的顏色。
在雨季，應在冰箱中冷藏或儲存在生石灰罐中(不與生石灰直接接觸)，加入適量的生石灰(約為容器的1/4)。
人參太熱不能幹，容易斷，造成損失。
此外:
西洋參和高麗參曬幹後，放在陰涼處密封。
4.3阿膠、鹿角膠和龜板膠:
牙齦屬於中藥制劑。遇熱和潮濕易軟化；在幹燥寒冷的地方，很容易壞掉。因此可以用油紙包裹，埋入谷殼中密封保存，使外界潮濕空氣被谷殼接收，起到保持藥物的作用；也可以用雙層塑料袋包裝，密封保存在陰涼幹燥處。
夏天最好存放在密封的生石灰罐裏。
4.4蛤:
容易受潮，容易被蟲子吃掉，所以放在木盒或者白鐵盒裏，周圍放壹些樟腦丸，或者和辣椒混在壹起存放。
或裝入生石灰盒中，用容器盛裝後密封存放。
壁虎的尾巴在保存過程中要保養，這是醫學的重要組成部分。
4.5蟲草:
防黴防蛀。
放在陰涼通風處。晾幹後放入木盒中，墊上防潮紙，放在幹燥處或放在石灰盒中。
或裝入雙層塑料袋中，密封，冷藏；或者用紙包好木炭，加點牡丹皮，然後加入冬蟲夏草，密封。
另外，藏紅花和冬蟲夏草可以放在低溫幹燥的地方保存，可以讓冬蟲夏草長時間不變質。
4.6麝香:
它是棕色或深棕色粉末，具有特殊而強烈的香氣。麝香不宜用火烤或暴曬，以防變色失香，影響品質。
鹽阜放在瓷罐或玻璃瓶中，用蠟密封，存放在幹燥陰涼的地方。
或者，用再生紙把麝香包起來，放在瓷罐裏，密封蓋子，存放在幹燥的地方。
4.7鹿茸:
晾幹後用細布包好，放入木盒中，四周放上胡椒粉，密封蓋子保存。這種方法既能防蟲蛀、防黴、防風、幹裂，又能附著天鵝絨毛皮的光澤。
鹿茸粉:用瓷瓶盛裝鮮艷。
鋸絨:將細辛磨成糊狀，鋪在鋸口或邊緣，晾幹，放入密閉的木盒中，在盒中撒些樟腦或細辛，密封，存放於陰涼幹燥處。
4.8林蛙油:
非常容易吸收水分，更適合冷藏。也可以在蛙油上噴上適量白酒，裝入小袋，放入雙層塑料袋中，存放在瓷罐中，密封保存。
4.9三七:
易生蟲，而且蟲蛀的洞很小。發明之前仔細觀察。
可以拆下清洗，裝進布袋，放入木箱；或者裝入紙袋、紙盒中，再裝入生石灰罐中密封保存。
4.10銀耳:
放入冰箱，用塑料袋包好冷藏。
4.11珍珠:
儲存在玻璃瓶或瓶子或鐵盒子裏。防潮密封儲存。
4.12黃牛:
儲存在深棕色玻璃瓶或塑料袋包裝的鐵盒中。牛黃不宜冷藏，以免變黑失效。壹旦發黴，可以用酒擦洗。
4.13羚羊角:
用幹紙包好，密封在木箱裏，晾幹保存。