正當少年紅(レット)要獨自出村，博士叫住了他，並告知草叢裏氣息著野生的ポケモン(ポケットモンスタ—的略稱)。除非上邊帶著自己的ポケモン，不然會很危險，當下不由分說，將少年帶到了他的研究所。
故事就這麽拉開了序幕,玩家所扮演的角色就是名叫紅(レット)/綠(グリ—ン)/藍(プル—)的少年(當然妳也可以自己取名字),住在馬薩拉村(マサラ)。肯隨著博士到達研究所，同時業余上了博士的孫子，另以為名字叫紅(レット)/綠(グリ—ン)/藍(プル—)的少年(當然也可以自己取名字，就起妳的情敵的名字吧，我叫他蛋蛋， ^_*)博士讓妳在他所擁有的三只ポケモン中任選壹只相贈（三只ポケモン分別為：小火龍、傑尼龜、和妙蛙種子，均能有兩次進化），選個妳喜歡的吧。（黃版則博士直接給妳皮卡丘，沒的挑的）挑好後，蛋蛋也選了壹只，並向我提出挑戰。作為開盤戰，不是很難，就當先試試戰鬥系統吧。而後他離開，但這只是開場白，以後他有的煩妳了。
辭別了博士，可以離村了。果然如博士所言，草叢裏確實藏有不少怪物，好好練壹下級吧。很快便來到了永恒村（トキヮ），在Shop裏，從店主手裏得到ぉとどけもの。連忙趕回研究所將它交給博士，於是指令中多出壹項ずかん（圖鑒），這意味著可以開始著手收集ポケモン的工作了。順便再去壹趟鄰居家，拿到タゥンマップ（鎮子地圖），可以正式出發了。
壹路向北行進，壹間大屋擋住了去路，只有通過常青森林（トキヮのもり）才能找到出路。在森林裏會首次遇上怪物教練（ポケモントレ—ナ—）這種身份的人，而與之交戰是監視大多數怪物的重要手段，所以千萬不要錯過。
我走出了森林，發現已來到了尼維村（ニビ）。村裏建有壹座博物館，只要花50元就可以進去大開眼界壹番。另外我還發現有壹間物資標有GYM的記號，推門而入才知道這個世界的八位首領（リ—ダ—）之壹就住在這裏。不過我才不理會那些，相信自己的實力，果然很輕松的就打敗了他，還得到34號機器以示鼓勵。
在雕像出發現了蛋蛋的簽名，才知道他已先到壹步，並且也打敗了首領。此時村右的道路可以通行了，但壹路上危機重重，好不容易才擺脫了怪物教練們的糾纏，來到歐基米山腳下（ォツキミゃま）。洞門口有壹間POKE內會遇上壹個賣ポケモン的，雖然以後可以通過其他方法得到，但早壹點培養總不是壞事，雖說要多花500元，此ポケモン位列129號，就是傳說中的鯉魚王，當前素質極差，但至20級後搖身壹變，厲害異常。
我來至洞內，壹面戰鬥，壹面前進，雖然有點累，但收獲不小。途中所得各寶物中有壹名為月之石（つきのぃし），能使某些物種立即進化。在打敗這裏的首領後，他讓我從他身後兩塊古代物種化石中選壹塊（以後有大用處，妥善保管哦）。出了山洞（註意：皮卡丘版的在出洞之前要和突然出現的火箭隊火拼壹場，贏了才能出去），便是寶藍村（ハナダ）。不出所料，第二位首領在此，上門去好好請教壹番吧。村子裏開有壹間自行車商店，不過絕對是買不起的（就算妳有錢，他也不賣）。
正要過村北的橋時，遇到了久違的蛋蛋，不免又要“惺惺相惜”壹番。幸好我未曾擱下武功，仍然取勝。過橋後來到海角的小屋（みさきのこゃ），見到了變成怪物模樣的正木（マサキ）。交談中得知他已造好壹架機器來使他恢復人形。答應幫助他後，正木走進那臺機器，而我去操縱桌上的主控電腦。壹陣嘈音過後，正木成功地恢復人形走了出來。為表感謝，他送給我壹張船票（ふねのチケット），難道可憑此乘船遊覽壹番麽？帶著疑問，我回到寶藍村，發現右面屋門口的警衛讓開了路，進去瞧瞧。哇噻，屋內壹片狼籍。詢問了主人後得知有壹人來搗亂，而後又打破了墻逃走了。我立刻追上去，果然在屋後發現壹個形跡可疑的人，未談幾句就露出真面目，我毫不客氣地狠扁了他壹頓，還從他身上搜出了28號機器。
壹路往南看到了兩間屋子，不過通往隸棠村（ャマブキ）的路已被封鎖，先走地道吧。穿過隧道，再經過壹大片草地，到達枯葉村（クチバ）。村裏某尖屋內可得到兌換卷（ひきかぇけん），若回到寶藍村，向自行車店老板出示的話，會得到壹部嶄新的自行車，這樣走路就快多了。而村裏另壹間屋內則會得到釣竿，作用不用多說了吧，使用的方法就是對著水域使用道具“釣竿”拉。
我發現村裏有壹個港口，這下子船票可以派上大用了。出示船票後來到壹條豪華的遊船上。船艙內的旅客有相當數量是怪物教練，小心應付。在船長室門前的通道內再次遇到蛋蛋，戰鬥結束後再去找船長。耐心聽完他壹番話後，他很高興的把他珍藏已久的01號秘傳機器（ひでんマシン）給我我。離開船上岸，船起航了。將此寶物裝備上，便擁有了間切能力（ぃぁぃぎり，作用：毀樹開路，使用方法：調出ポケモン指令，在所裝備的怪物處便會出現此指令）。還記得村裏有間Boss屋嗎？現在可以進去了。
由於擁有間切能力，可以去的地方很多。但我還是決定先去村右的山洞（ディグダのあな）。穿過山洞發現有壹小屋，若目前怪物擁有種類已達10種，便可以從屋內人處得到05號密傳機器（能力：閃光，フラッシュ；作用：發出耀眼的光芒）。再次回到寶藍村，往右出村，壹路經過9號，10號地區來到巖間隧道（イワャマトンネル）。洞內壹片漆黑，那就來點光吧。使用閃光，果然是壹片光明，找出口吧。所幸洞內並無首領，略費周折就出來了。
到了美麗的錫安村。村民們為悼念亡靈建造了壹座口袋妖怪塔（ポケモンタワ—）。我從壹村民口中得知富士（フジ）失蹤了，於是決定去找他。考慮壹番之後，我認為那座塔有很大的嫌疑。在塔的2樓得知要使塔內的幽靈現出原形，只有依靠西爾夫之鏟(シルフスコ—プ)的力量。但這個寶物在哪兒呢？看來不會在這個村裏。我從西面出村，在8號地區發現了另壹條地道（ちかつぅろ），並且通往玉蟲村（タマムシ）。沿地道到達該村，在遊戲中心的櫃臺旁找到壹名怪物教練。打敗他，他會逃往樓上。調查墻上的那幅畫，發現是個隱藏的機關，開動後出現了壹條通往2樓的階梯。拾階而上，在某層打敗壹位怪物教練後再仔細盤問，他會乖乖地交出壹把電梯鑰匙（ェレベ—タのカギ）。來到電梯內，選擇目的地4樓，而後打敗門衛，（註意：皮卡丘版的在這裏會遇到火箭隊，不過就他們的怪物對我來說只是小菜壹碟）就見到了首領神（サカキ）。壹番較量，勇奪西爾夫之鏟，趕快回錫安村救富士吧。
再次進入口袋妖怪塔，這下幽靈都露出了原形。在五樓通往六樓的階梯旁遇上壹個30級的幽靈，不過也壹樣被我痛打，嘻嘻，給妳個竅門，用超能系（ェスパ—）的招式打幽靈特別管用。在塔頂找到了失蹤的富士，壹起回到他家中，同樣有貴重物品相贈。這次是口袋妖怪之笛（ポケモンのふぇ），有經驗的朋友應該猜到了作何用處。還記得錫安村南的水上棧道嗎？那兒有壹只貪睡的懶貓躺在地上擋住去路，用笛子去吹醒它。這下它醒了，可也生氣了，免不了亂鬥壹陣。之後在路上的壹小屋內又得到壹支神奇的釣竿（すごぃっりざゎ），比以前那把好用多了。
壹路來到石竹村（セキチク），第5位首領在此“恭候”多時了。他的手下都是些好玩水晶球、故作神秘的變態。另外在BOSS屋內有壹個看不見的結界，我只有沿緊靠右墻的路從他背後繞過去才能與之交戰。如果妳擁有的ポケモン數量已達50種，則可去村口外屋內二樓，會得到壹寶物學習裝置（がくしゅぅそぅち），作用則是多得壹些經驗值，具體情況玩家可自己研究。
下壹個目的地是玉蟲村，左上角屋內可得02號秘傳機器，只有鳥類能裝備（能力：そらをとぶ，作用：瞬間移動至曾去過得村莊）。要玩遊戲中心的老虎機，就得先去壹趟酒吧，從壹酒鬼那兒拿壹只用來盛硬幣（）的口袋，再去遊戲中心櫃臺處購入硬幣就可以玩了。（先在遊戲中心裏仔細的搜索壹下，和每個人說說話，可以省下妳不少錢的哦）而中心隔壁屋內可憑所持硬幣換取相應道具或ポケモン。去村裏的SHOP中，壹直上到頂樓，貨架上***陳列三樣道具（都是很好喝的汽水哦）可以分別與屋內的人換取三種不同的機器，但要記得多買壹個第壹種的汽水備用。
往右出村，將汽水交給警衛，這下他就放行了（貪汙？），於是我來到隸棠村。村裏有壹座高11層的大廈，在3樓會得到鑰匙卡（カ—ドキ—），可以打開那些門。再次與蛋蛋、神交手，之後與屋內人交談，可得到強力球（マスタボ—ル，最強力的ボ—ル，只此壹件）。出了大廈，BOSS屋門前已無人阻擋，這下又有仗打了。村裏還有另壹間BOSS屋，不過是假冒的，若有興趣打敗裏面的首領，可從兩個ポケモン種任選壹個。
來到石竹村，去村上方狩獵區（サファリゾ—ソ），花500塊錢買入30個狩獵球（サファリボ—ル）去狩獵吧。這裏的怪物都不錯，值得壹提的是水池裏的迷妳龍（ミニリェウ），別看現在弱的象“面瓜”，待兩次進化後包管妳大吃壹驚，絕對值得培養。還有不少其他怪物，是別處絕對沒有的，用心捕捉。對了，捕捉時***4項指令其中ェサ是餵餌，いし是拿石頭砸，對不同怪物必須采取不同手段才能順利捕捉（我的方法是不管三七二十壹，直接扔狩獵球）。在狩獵區內先找到壹副金假牙（きんのぃれぱ），出來後把它交給POKE右側屋內的人，他很感激地把04號秘傳機器交給我（能力：蠻力，かぃりき；作用：力量爆發推動巨石；裝備：獸類），並讓我再去找狩獵區財寶屋（トレジマ—ハウス）裏的人。只好再花500塊，找到後會得到03號秘傳機器（能力：乘浪，なみのり；作用：下水；裝備：水生類），這下又有新地方可去了。
從村南下水，壹直遊到孿生島（ふたごじま），穿過島上山洞。洞內機關須用かぃりき能力推動巖石，使之落到最下層，等到2塊都落下並阻住水流，就可以出洞了。另外洞內還有壹頭鳳凰，動壹番腦筋爭取“錄用”吧！再次下水，遊至綠村，第七位BOSS就在此。村內的研究所，可將以前獲得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）通過壹系列高科技技術提取細胞培育出史前怪物，其中化石培育出的可進化。BOSS屋有鎖把關，先去屋左的樓內找鑰匙。那些雕像是用來控制門的開關的，反復擺弄，終於到手了秘密鑰匙（ひみつのカキ），可以進BOSS屋了。打敗BOSS卡拉（カッラ），沿上方水路回到了我的家。
現在該去哪兒了呢？對了，就是永恒村。還記得嗎？早就發現了的BOSS屋，但始終就是不讓進，現在總可以了吧。又是神！不過這次他及其屬下的實力確有提高，不可掉以輕心。打敗後別忘了再次交談，而後他就……消失了？！
至此，我們已經打敗了全部八位首領，但還不算完。向西北方的影子村走（セキェィ），路上會遇上蛋蛋。但他現在已不是我的對手了，輕松解決，嘻嘻。
到達宮殿後，向各衛兵依次亮出自己苦心戰鬥才獲得的各枚勛章之後來到迷宮內。機關同樣要推動巖石壓住才行，而仔細尋找會發現壹頭火鳳凰，登用吧！終於到達影子村，這兒可購物、休息、很照顧玩家吧！在補充道具後，上路拉。
進入屋後門內，這兒是第壹道關卡。天啊，才第壹個就這麽厲害了。如果妳沒有50級以上的實力，就關機重來吧，好好練級，等到實力大增，再去挑戰，經過連續四道關卡後，就要和蛋蛋進行最後壹場冠軍爭奪戰了。經過壹陣天昏地暗的拼殺，終於打敗了蛋蛋的65級恐怖妖怪（其實早在狩獵區那裏的時候我的暴鯉龍就70幾級了，打蛋蛋還不是VERY EASY）。這時博士趕來，宣布我成為了新的冠軍，之後就是大結局