雲門禪寺坐落於紹興城南十五公裏的平水鎮寺裏頭村秦望山麓腳下的壹個狹長山谷裏，這是壹座歷史悠久的千年古剎。它的東面即靠平水鎮，南面有若耶溪、平江水庫、平陽寺等，西面有北靠秦望山（因秦始皇曾經登此山而有名），雲門寺三面青山環抱，坐落在壹個狹長二裏左右的峽谷裏，這裏地處紹興南部山區它有著寧靜優雅、氣候宜人、依山傍水、林泉秀美的壹處清幽脫俗的佛門勝境。
雲門寺始建於東晉義熙三年（公元407）。隋、唐、五代十國、宋、元、明、清、民國,迄今已有1700多年歷史了,可謂華夏最悠久的古剎之壹。據史書記載：晉代大書法家王獻之曾於此隱居，雲門寺本為中書令王獻之（王羲之的第七個兒子）的舊宅，傳說王獻之曾舍宅為寺。安帝義熙三年（407）某夜王獻之在秦望山麓之宅處其屋頂忽然出現五彩祥雲，王獻之將此事上表奏帝，晉安帝得知下詔賜號將王獻之的舊宅改建為“雲門寺”，門前石橋改名“五雲橋”,高僧帛道猷居之，竺法曠、竺道壹先後招之。《嘉泰會稽誌》中記載“王獻之雲門山舊居，詔建雲門寺。”又明萬歷《會稽誌》卷十六元虞集撰《雲門寺記》雲：“寺本中書令王獻之舊宅”。 雲門寺在歷史上之規模是非常之宏大。雲門寺鼎盛時期曾熱鬧非凡，陸遊在《雲門壽聖院記》中寫到：“雲門寺自晉唐以來名天下。父老言昔盛時，繚山並溪，樓塔重覆、依巖跨壑（hè）,金碧飛踴，居之者忘老，寓之者忘歸。遊觀者累日乃遍，往往迷不得出。雖寺中人或旬月不得覿（dí ）也。”從此可以看出當年之盛況。另據《康熙會稽縣誌》中的記載和雲門寺圖上可以看出，進入峽谷之後首先看見的是壹個寫著“雲門古剎”的石牌坊，然後是辯才塔、“卓立雲門”石牌坊、雪嶠塔、五雲山亭、火者塔然後走過五雲橋到達雲門寺的山門前面，寺前面還有壹片楓林，從圖中我們可以看出雲門寺當時的雲門寺有五進之多，有山門、天王殿、大雄寶殿、法堂、禪堂等主要殿堂。寺院的兩邊各建有兩排長長的廂房。寺院的周圍還有鐵門限、溪風閣墓、王子敬筆琢、王子敬山亭(書上說:唐高宗上元二年(675)三月上已日,名例“初唐四傑”之首的文學家王勃,在雲門寺王子敬山亭主持過壹次“克隆”晉代王羲之等人在蘭亭曲水流觴的修禊盛事。)、洗硯池、白乳亭、五雲山等。另外雲門寺除主寺之外還設置有“看經院”（另有“刊經院”、之說）、“芍師院（懺堂）”、“顯聖院”(雲門顯聖寺 寺址在今紹興城區東南玉笥山前。後周顯德二年（955），僧重曜於拯迷寺石壁峰前募緣建造。初名顯聖院（雲門看經院）。宋至道二年（996）九月，敕改顯聖寺。院後有王子敬筆倉，實壹眢井。元時，寺毀。明萬歷二十二年（1594），大學士張浚元等延請圓澄（湛然）禪師重建寺於玉笥山前，開法雲門顯聖寺，法席大盛。
全寺傍山而築，占地面積1.33萬平方米，建殿堂宇舍200余間。民國19年（1930），有僧200余人。32年，部分寺舍為侵華日軍所焚。34年抗日戰爭勝利後，住持元相慘淡經營，然終難振舊觀。1949年，有僧22名。1951年，寺舍廢，改民居。)、廣孝寺(廣孝寺前，有宋高宗書“傳忠廣孝之寺”碑額，碑高丈余。寺有彌陀道場，杭僧元照書額。門外有麗句亭，刻唐賢詩賦於其上。寺前有辨才塔。寺內有辨才香閣，智永禪師之徒辨才曾居此。世傳辨才於雲門寺鑿暗檻置右軍蘭亭序真跡於梁上，唐太宗禦史蕭翼以計取之。)、廣福院（老宿所棲庵）、藥師院等副寺，後來主寺日漸衰落各副寺就別立為寺了，如顯聖寺、雍熙寺、壽聖寺等。在當時的這幾個主要別立的寺院在加上雲門寺本身被當地稱為“壹山四寺”、“壹主四副”或雲“壹本而四名”。但在當地信眾的觀念中通常把這些寺院視其為雲門壹寺。另外在其不遠還有很多的寺院、庵堂。“雲門”只是壹個總稱而已。至宋，雲門析為廣孝、顯聖、雍熙、普濟、明覺、雲門六寺。明萬歷《會稽誌》卷十六載：“今雲門有寺六：廣孝，恩昱諸公所居也；上庵曰廣福；看經院曰顯聖；悶興懺院早雍熙；西曰普濟；南曰明覺，各有勝地。”足見當時的盛況。 雲門寺曾在中國佛教史上占有重要的地位。歷任住持者皆系當時著名僧人，如首任住持帛道猷（yóu）系為東晉壹代名僧。隨後相繼還有法曠、竺道壹（壹）、支遁、曇壹、弘明、弘瑜、智永、智果、圓信、湛然、重曜、凈挺、辯才、允若、具德禮、王門等等皆是壹代高僧，尤其是支遁和曇壹，前者創“即色空”學說，後者創了“幻化宗”學說。對中國佛教的發展都產生過很大的影響，其中猶以辨才香閣最為文人喜愛。辨才為雲門寺律師，王羲之七世孫智永之得意弟子，其生前所住香閣，當然亦為後人重視。香閣之得名，看來源於雲門特有之天香。宋之問《宿雲門寺》曰：“天香眾壑滿。”孫邈 《酬萬八賀九雲門下歸溪中作》曰：“天香滿袖歸。”孟浩然《遊雲門寺詩》曰：“香界登閣憩。” 孫邈《宿雲門寺閣》曰：“香閣東山下，煙花象外幽” 孫邈不住巖東院而住香閣院應從心理上考慮。（按宣宗大中年間，浙東觀察史李褒到雲門，也住香閣院，並留下《宿雲門香閣院》詩）當年《蘭亭序》就是藏在這香閣之梁檻之上，詩人宿此當為憑吊。另壹處“客棧”當為東客院，即巖東院，雲門寺接待院。當年蕭翼受唐太宗之托來雲門騙取《蘭亭序》時便住於此。蕭翼有《宿雲門東客院》詩。詩人初至雲門就是以此詩結交辨才，博得辨才好感。
歷史上的雲門寺與海外的佛教高僧也有著聯系，如明末住持僧杉木祖師（原名段蘭公）就曾去日本弘揚教義達三十年之久，為中日兩國之間的佛教交流建立了良好的友誼基礎。 雲門寺在我國歷史上曾經聲名顯赫，歷代帝王都很啟重此寺。如晉安帝、梁武帝、唐太宗、吳越王、宋太祖、宋太宗、宋高宗、清順治、康熙、乾隆等皇帝都十分關註雲門寺，或賜名題額、或樹碑建塔、或給予各種賞賜等。
“十峰遊罷古招提，路入雲門峻似梯。秀氣漸分秦望嶺，寒聲猶入若耶溪”。作為壹處林泉秀美、環境清幽的寺廟叢林，雲門寺尤其成為歷代文人雅士山水遊賞的對象。歷代許多著名詩人、文人墨客和佛門高僧也都慕名而來寄居、訪師遊賞。至晉以後多有詩人扣訪。如六朝宋時，謝康樂與從弟謝惠連人稱大小謝，曾泛舟耶溪，對詩於王子敬山亭。“謝靈雲與惠連聯句，刻於（孤潭）樹側”（《嘉泰會稽誌》卷十）。南朝詩人王籍雖只兩首詩作留世，然亦有泛舟耶溪“蟬燥林愈靜，鳥鳴山更幽”之千古絕句。梁代時，何胤曾 “居若耶山雲門寺” （《嘉泰會稽誌》卷十四）。僧洪偃曾駐足於此，寫下壹首有名的《雲門寺》詩。六朝風流可見壹般。唐朝詩人孟浩然、白居易、李白（李太白壹生好入名山遊，曾四到浙江，三上天臺，在紹興壹帶留有大量詩作，寫及雲門的就有“禹穴尋溪入，雲門隔嶺深”）。、杜甫（杜甫念念不忘少年越中之遊，在給友人畫中題詩時竟發出“貌得山僧似童子，若耶溪，雲門寺，吾獨胡為在泥滓，青鞋布襪從此始”的浩嘆。）、杜牧、宋之問（初唐詩人宋之問更開越中唐詩風流之先河）。、崔顥、方幹（千）、靈澈、嚴維、秦系、元稹（zhěn）、劉長卿、韋應物、蕭翼、王勃（永淳元年（692年）初唐四傑之壹的王勃率浙東詩人修鍥於雲門王子敬山亭，有《修鍥雲門獻之山亭序》。王勃也許意猶未盡，於同年秋再次修鍥於此，作有《越州秋日宴山亭序》，此後又有大歷浙東唱和（57詩人））。、王維、賀知章、元微之、白天樂、梁蕭等等，到了北宋雲門依然為文人所重，宋代的文豪範仲淹、陸遊、蘇東坡、蘇瞬欽、王安石等，南宋時更為壹代詩宗陸遊的少年讀書處。陸遊在多處詩中提及雲門，撰有雲門《壽聖院記》。辛棄疾曾任浙東刺史，從雲門後登秦望山。寫下《 》。 明代的開國軍師劉基（劉伯溫）（明代劉伯溫曾在雲門居住多日，留有大量詩作。《遊雲門記》《自雲峰深居過普濟清遠樓記》、《發普濟過明覺寺至深居記》、《深居精舍記》、《活水源記》便作於此）。、徐渭、陳洪綬（明亡後，陳洪授、祁豸佳等十人出家雲門寺，結成十子社）。、董其昌、張元忭（明代狀元張元忭緝有《雲門誌略》五卷。）、劉宗周等他們經美麗的若耶溪，來到這塊佛壇和書壇的勝地，雲門寺。《錢起、杜甫、孫逖、李褒、李彌遜、虞集、金涓、王思任等》並留下了不少相關贊美雲門寺的不朽詩文、詞句。雲門寺僧特在寺前建立牌林，留下這些大詩人的佳作，名曰：“麗句亭”。如唐朝王勃寫的《修禊（xì ）雲門獻之山亭序》、唐梁蕭的《遊雲門寺詩序》、唐宋之問的《遊雲門寺》、宋鄧牧的《自陶山遊雲門記》、宋陸遊的《壽聖院記》、元允若輯之《雲門集》、元虞集的《雲門廣孝寺記》、明劉基的《遊雲門記》、明陸夢龍的《雲門寺記》等等。 雲門寺唐時，便成為浙東唐詩之路的起點，杜甫的“若耶溪雲門寺、青鞋布襪從此始”。就已成為千古絕唱。據初略統計《全唐詩》直接詠及雲門的詩作達五十余首，而唐代到過雲門的詩人更不計其數。雲門乃越中必遊之地，按走過浙東唐詩之路的唐代詩人有名可籍的就有四百余人，而到雲門者必夜宿於此，如此想來雲門乃天下第壹名人客棧了。 雲門寺這片清凈佛教勝地，還是士子們勵誌攻讀學習的選擇之處，東晉大書法家王獻之、宋代偉大的愛國詩人陸遊年少時都曾經在這裏刻苦學習，並留下了當年學習的“雲門草堂”遺址。此外還有在中國文化史上有著幾個歷來傳誦不絕的故事，如：智永和尚苦練書法最終成名的“退筆冢”與“鐵門檻”的故事就在此。唐太宗因追慕王羲之的書法傑作，特派監察禦史蕭翼用計從辯才和尚謀騙取珍藏在雲門寺被稱為 “天下第壹行書”的《蘭亭集序》真跡的故事也在此發生。得知雲門是緣於《蘭亭序》，王羲之在山陰蘭亭寫就《蘭亭序》為世人知曉，卻少有人知道會稽雲門乃《蘭亭序》失卻之所。唐代演義故事中有《雲門失蘭亭序記》壹章。故事所雲：智永和尚為王羲之七世孫，（王羲之五子）王徽之後裔。少年與兄孝賓（慧欣）壹道在秦望山嘉祥寺舍俗入道。精通般若法華諸經，好禪寂，罕接俗物，以善書名。智永居永欣寺（隋煬帝重智永、智欣，賜名永欣寺，即雲門寺。）閣上臨書先袒遣貼三十余年，所退筆頭，置之大竹簏，簏有壹石之大，而五簏皆滿，取而 之，號“退筆冢”。人來求書及請題者如市，所居門限，為之穿穴，乃用鐵葉裹之，謂之“鐵門限”。弟子中著名書法者有智果、釋述、釋特、辨才、虞世南等。智永在中國書法藝術史上的重大貢獻有二個方面：壹為發“永字八法”之旨趣，逐成隋唐學者宗匠；二為臨集《千字文》，開後代書法家書寫《千字文》之風。智永寫真草《千字文》八百本，施浙東諸寺各壹本，讓人臨寫，後遂成我國兒童的啟蒙讀物。宋書法家米芾謂智永所臨《千字文》“秀潤圓勁，八面俱備”。智永取名，寓“得永字而益增智慧”之意，確為我國壹位傑出的僧侶大書法家。又自制銘制，遂不復作書。壽壹百另二歲。智永死後將《蘭亭序》傳於辨才。唐太宗晚年酷愛書法，尤其重二王。他收藏了不少王羲之的書貼，唯《蘭亭序》只聞其名而未睹其跡，便到了夢寐以求的程度。後得知《蘭亭序》在辨才手中，乃下 勒令，命辨才到京入道內場侍奉，恩賜甚豐，欲誘騙辨才獻出墨寶。辨才早有思想準備，他在《赴太宗召》壹詩中寫道：
雲霄咫尺別松關，禪室空流碧障間。
縱使朝廷卿相貴，爭如心與白雲間。 到京後辯才壹口咬定，《蘭亭序》已在喪亂中亡失，不知所在。唐太宗無奈，只得將其放歸越中。太宗不甘罷休，再次命辨才進京，重問《蘭亭序》下落，如是者竟有三次。即為《誌書》所載，唐太宗三召辨才，詰其《蘭亭帖》下落事。
尚書右仆射房玄齡見唐太宗求寶心切，便推薦監察史蕭翼赴越探明墨寶下落。蕭翼本名世翼，梁元帝蕭繹曾孫，富有才氣，亦多權謀，接受唐太宗旨意後，隨帶二王雜帖三數通來到越州，假扮山東書生，徑往雲門。日暮入寺，巡廊以觀壁畫，過辯才院，辯才遙見翼，寒溫既畢，語議便合，因延入房內，談說文史，意甚相得，當日便留夜宿。談及翰墨，蕭自稱：弟子先門皆傳二王楷書法，弟子又幼來耽習，今亦有數帖自隨。辨才欣然之曰：明日來可把比看。翼依期而往，出其書以示辨才。辨才熟詳之曰：是即是矣，然未佳善，貧道有壹真跡，頗亦殊常。翼問何帖？辯才曰：蘭亭。翼佯笑曰：數經亂離，真跡豈在，必是響榻偽作耳？於是辯才說出真情，並告：可明日來看。及翼到，辨才自於屋梁上檻內出之。翼見訖，故駁瑕指類曰：果是響榻書也。辨才自將“蘭亭”示翼之後，更不復安於梁檻上，並蕭翼二王諸帖並借留置於幾案之間。辨才時年八十余，每日於窗下臨學數遍。自是與翼往還既數，童弟等無復猜疑。壹日，辨才出赴靈汜橋南嚴遷家齋，翼遂來房前，與案上私取《蘭亭序》及禦府二王諸帖赴永安驛，告驛長身份，並叫其報汝都督齊善行。善行（即竇建德之妹婿）聞之，弛來拜 。蕭翼宣示 旨，具告所由。善行使人召辨才，辨才及見，乃房中蕭生也。蕭翼報雲：奉 遣來取蘭亭，蘭亭今得矣，故喚師來取別。辨才聞語，身便絕倒，良久始蘇。
唐太宗見《蘭亭序》大悅，以房玄齡舉得其人，賞錦彩千段，擢拜翼為員外郎，加入五品，賜銀瓶壹，金鏤瓶壹，瑪瑙碗壹，並實以珠，內廄良馬兩匹兼寶裝鞍 ，莊宅各壹區。太宗初怒老僧之秘，俄以年耄，不忍加刑，數日後，仍賜物三千段，谷三千石， 越州支給。辨才不敢將入已用，回造三層寶塔，塔甚精麗，而老僧因驚悸患重，歲余乃卒。後人便將它取名為辯才塔。 現在能看到的雲門寺與初始時的雲門寺及全盛時的雲門寺已是天壤之別。雲門寺自明末以後壹直不振，目前，雲門寺仍留有清代重建起來的壹部分殿宇，清代的木構建築兩進及東廂房數間。第壹進三開間山門，系清早期建築，門楣上方書“雲門古剎”行楷大字，明間兼作韋馱殿，東、西兩次間易為民用。第二進三開間大雄寶殿，清代建築。前檐下置“大雄寶殿”橫匾，明間五架擡梁式帶前廊，大殿內四根雕飾石柱, 三百余年來頑強地堅守著它對釋加牟尼的信仰和它自身與寺廟的佛緣。大殿內,目之所及壹塵不染,潔凈程度令人難以置信。前後金柱為圓形石柱，柱礎呈鼓形；東、西兩次間為穿鬥式結構。在寺院的東側廂房北端廊壁間現存明崇禎三年（1630）文學家王思任撰文、範允臨行書、著名書法家董其昌、陳繼儒和董象蒙跋語的《募修雲門寺疏》碑壹通。碑為太湖石質，下設長方形基座。碑高148厘米，寬82厘米，碑文記述雲門寺地理位置以及募修雲門寺經過。這是古代雲門寺的確證。在碑的背後，有壹汪清泉，傳說是王獻之的“洗硯池”，澄澈的池水，好像歷史老人的眼睛，閃爍著詭秘的神色。寺院周圍還有“五雲橋”、“麗句亭”（亭內有歷代詩人留下的贊美雲門寺的詩詞等）、“五雲山亭（內還有兩尊石佛造像）”、“杉木祖師墓”、王獻之的“洗筆池”、“辯才塔”遺址（辯才塔為唐太宗所賜建）、陸遊曾在此學習的“雲門草堂”遺址，以及當時各副寺的殘留廢棄的屋基，也都能清晰可見，並還有大量當時的寺院建築用的石板、石墩、石柱等遺物，並且有些上面還有精美的雕刻，這都是古代寺廟的遺址。
雲門寺可以說是壹處集宗教、歷史、文化、旅遊觀光於壹體的佛教勝地，它歷來壹向很受我國學術界、政府部門的重視，近年來不斷有學者寫信或親自來探訪，並發表研究文章。紹興市、縣文保部門以及雲門寺所在的平水鎮鎮政府也都十分重視和關心。