至元十三年二月，南宋文武官員出杭州城，各以宋朝所授職銜行謁見禮於元軍大營。他們“謁見”的，乃是攻滅他們父母之邦的元軍統帥伯顏。本月，伯顏以元廷的授權，任命元“浙西都督府”進駐杭州。三月，伯顏入杭州城。南方大國昔日的都城，現在成為元“行中書省”的治地。江南“新主”開始收繳宋百官誥命符印，罷廢宋官府，“閱實”宋國庫，“檢括”所藏各種珍異寶玩，籍沒宋室禮器、祭器、儀仗、戶籍檔案和大量圖書。宋王室收藏的歷代名畫、法帖等也悉數北運，使北方宮廷中的儒臣們大開眼界。元廷召伯顏偕宋君臣入朝。三月十二日，伯顏遣人向宋皇室宣詔。當宣詔人讀到元廷對宋幼主、太後免於系繩於頸、牽羊於手表示亡國之臣向征服者獻誠的時候，幼帝的母後全氏涕淚沾襟，對兒子說：“蒙聖天子慈仁，留妳壹條活路，應當朝京闕禮拜致謝。”幼帝拜畢，母子壹起乘轎，“即日俱出宮”。只有謝後生病，留杭未行，但不久後還是被驅北上。臨行之際，趙氏母子求見伯顏。伯顏以“未入朝，無相見之禮”回絕。
古代隱居者南宋朝廷降元不久，江淮西部尚未被元軍攻克的諸城，很快因防區統帥夏貴出降而盡為元有。江淮東部則在戍守揚州的防區統帥李庭芝指揮下固守。謝太後、幼主先後遣使至城下命李庭芝投降，他回答：“奉詔守城，未聞有詔諭降也。”宋皇室北覲途中，謝太後又寫信勸降說：“如今我和少主都已經臣服，妳還在為誰守城呢？”李庭芝命弓箭手從城上射退信使，出兵劫持“聖駕”，失敗。不久，元軍圍攻揚州。元將阿術遣使持忽必烈詔書諭降。李庭芝斬使焚詔，誓以必死。
1276年盛夏，揚州附近諸城多力竭納款，揚州城裏也很快糧盡。士兵至有烹子而食的現象。正在這時，出逃到南方的宋流亡小朝廷召李庭芝南下。李庭芝乃與姜才出城，想經泰州入海南航，結果被元追兵包圍在泰州城中。留守揚州的朱煥早已萌生降意，李庭芝和姜才壹走，即以孤城投元。李庭芝、姜才被泰州降將出賣，在元營不屈死節。揚州壹失，淮東宋軍殘部人心動搖，元軍乘勢盡得其地。
杭州城被元軍占領以前，宋廷匆匆封幼帝的兩個庶弟趙罡、趙咼為益王、廣王，分鎮福州、泉州。兩王在宋廷奉表請降的次日逃離杭州，稍後取海道進入福建。於此前壹日晚間出走的丞相陳宜中，也往投二王謀復國之舉。1276年6月中，益王趙星在福州即帝位，後來被稱為端宗。弟趙晶再受封為衛王。南宋流亡小朝廷建立。杭州投降前出使元營，被伯顏羈留軍中的文天祥，在北解途中逃脫，這時也輾轉來投趙罡。這個流亡政權力圖憑借福建，規復兩浙和贛南。江西、兩浙地區聞閩廷頒詔，也“在在起應。蜂屯蟻附”。東南地區南宋殘部的抗元鬥爭，由是形成兩次聲勢較大的短暫高潮。
閩廷建立之初，即分遣諸軍，企圖收復兩浙淪陷各城。不少降元州城重新起兵，而且連軍攻元，“民多應之”，壹時造成雲從景附的振奮局面。宋軍勢力，曾經到達江西東南部。但是不出兩個月，抗元宋軍先後失敗。元軍反而渡過錢塘江，完全克滅兩浙的殘余勢力，又在秋末分三路進攻閩廣。流亡政權遂從福州取海道南逃。元軍全線向南推進，到1277年初，宋在福建的勢力幾乎陷於崩潰。正在這時，元廷為集中精力應付西北諸王之亂。撤回征宋軍隊戍守中原。於是宋軍絕處逢生，乘機在福建和江西展開第二次規模較大的抗元攻勢。如果說前壹次攻勢是據閩攻浙，那麽這壹次是退據廣東而攻閩、贛。流亡政府已差不多是在作困獸之鬥了。
在江西的攻勢，主要是由文天祥指揮的。他自從參加流亡政府以後，壹直在前線督師。先開府南劍（治今福建南平），復移治汀州（今福建長汀），執行據汀攻贛的戰略任務。1276年秋末，他分軍進寧都、雩都（今江西於都），聯絡贛州城裏的抗元力量，準備“結約取贛”。江西各地義軍起而響應。但是由於元軍大舉進攻福建，文天祥不得不抽回兵力以抵禦元兵東來。江西的宋軍失去相互應援，陣腳大亂，紛紛敗績。1277年6月，乘元軍主力北歸，文天祥從梅州（今廣東梅縣）北逾梅嶺，再次進入江西。宋軍連下會昌、雩都、興國，收復贛州、吉州大部。江西其他地區也多有呼應的行動。荊湖、閩廣甚至江淮都有抗元力量與文天祥聯絡，願意受其節制。這時候，南宋流亡小朝廷的政治影響迅速擴大。
然而二次入贛的聲勢持續不過兩個月，便被元軍摧敗。至元十四年（1277）七月，元廷立行中書省於江西，專事進討。八月，元軍襲攻文天祥設在興國的指揮部，“又擊走之，追四百裏，及之空坑。降其眾廿余萬”。文天祥差不多是只身脫走，妻妾兒子都被元軍俘去。江西戰局至是驟然逆轉。其他地區的義兵亦都被擊滅。
江西綏靖後，元軍壹路逾梅嶺進擊廣東；另壹路掃蕩福建，從那裏進入廣東。這段時間，益王政權由潮州移駐廣州淺灣內的秀山，再奔井澳（即今澳門以南諸小島所在洋面），遇風舟敗，軍士死過半。繼而又避追兵入海至七洲洋（今海南島以東的南中國海域）。次年春，還廣州，又移硐洲島（在今湛江外的洋面上）。四月，趙罡受驚嚇死於硐洲。張世傑、陸秀夫等擁立8歲的衛王趙爵為帝。六月，張世傑率軍欲收復雷洲（治今廣東海康），失敗。於是奉帝昺移師至廣州灣內的新會南百裏洋面上的厓山。這時他還有舟船800余艘，士卒萬人。
即使到大難臨頭的時刻，這個小朝廷仍不肯放棄內鬥。文天祥過去曾要求帶兵入朝護駕，被陳宜中拒絕。益王死前不久，他在硐洲東南海濱的乾溪山（船癔）上表，自劾兵敗江西之罪，再次請入朝，仍不許。他只好在潮州、惠州壹帶領殘軍堅持抗元。
就在廣王政權移駐厓山的同壹個月，即至元十五年（1278）六月，元廷召漢地最著名的世侯之壹張柔的兒子張弘範，委以蒙古、漢軍都元帥，命他往殲廣王政權。張弘範薦李恒為副帥，率水陸軍2萬，滅宋殘部。十二月張弘範至潮陽。前軍擊潰自潮陽走海豐的文天祥，擒之。至元十六年（1279）正月，元軍從潮陽循海路往壓山，途中命囚系隨軍的文天祥修書招降張世傑。文天祥乃書《過零丁洋》詩授之，留下了“人生自古誰無死，留取丹心照汗青”的名句。
至元十六年二月初，張弘範、李恒兩軍會合後，對宋厓山水師發起總攻。激戰經日，宋兵全軍潰敗。陸秀夫仗劍驅妻子人海。自己背了廣王趙昺跳入水中自沈。張世傑率10余艘船艦連夜突出重圍趨交趾而去，途中遇颶風船壞，溺死。南宋流亡小朝廷滅亡。
厓山之役的前壹個月，宋合州釣魚城（為合州治所，在今四川合川東北）守帥王立出降。至是，南宋的疆域，基本上全為元王朝據有。
南宋的歷史就這樣結束了。不過它卻因為文天祥的慷慨殉國而擁有了壹個悲壯的尾聲。這個尾聲，至少讓那些目睹耳聞宋室君臣北覲恥辱的人們對這個堂堂大朝不至於完全蔑視。
亡宋的少帝、太後和宋室官僚於至元十三年（1276）四月到達忽必烈的駐夏地上都。五月初壹，就是趙顯的庶弟益王在福州宣布登基的同壹天，趙顯和他的太後母親及由從前的宰相等高級官僚充任的“祁請使”，奉命到上都城西的元王朝太廟禮拜。五月二日，忽必烈正式接見被他打敗的亡國君臣。接見的地方在上都城南的草地帳殿裏。趙顯被封為“瀛國公”。然後舉行國宴慶祝平宋。宋朝的君臣也奉命參加，實際上是把侮辱作為榮耀賜給他們。忽必烈對南宋的降將壹向很有壹點看不起。他曾問他們：“妳們為什麽投降得如此容易？”諸將回答：“宋有權臣賈似道擅斷政柄，總是優容禮待文士，而就是輕視武官。臣等早已有不平之心，心離體解，所以都望風而款降啊！”忽必烈大概是用蒙語作答，讓董文忠譯成漢語說：“即使賈似道真的輕視妳們這班人，那也僅只是賈似道壹人的過錯而已。而妳們的君主又有什麽對不起妳們的呢？即使事實如妳們所說，那麽賈似道輕視妳們也確實是有道理的。”不過，在那天宴會的場合下，忽必烈還不至於這樣奚落他們。他只是好奇地問以宋宰相身份擔任“祁請使”的吳堅：“妳年紀已很大，為什麽還要當丞相治理朝政？”吳堅回答，因為朝中人都逃走了，所以他才當上丞相。他連忙要求忽必烈準許他歸老。
蒙古人參加宴會自然“眾皆歡甚”，但也有人體味出其中的辛酸，聰睿的察必皇後就心中不樂。忽必烈問：“我現在平定江南，從此天下沒有戰爭。大家都喜歡，只有妳不高興，這是為什麽？”察必跪下來說：“我聽說自古無千年之國。但願不要讓我的子孫也落到今天趙官家母子的地步，那就是最大的幸運了！”忽必烈把宋國庫中的寶物都展放在殿庭上，叫察必來看。察必看壹眼就走。忽必烈叫人追問她想要什麽，她說：“宋人貯蓄這些寶物傳給子孫，子孫守不住它們，現在歸於我家。我不忍心拿走其中任何壹件東西！”
古代人物圖鑒賞與宋皇室不壹樣，文天祥卻在屈辱的處境中莊敬自重，以四年被囚禁的苦難譜寫了壹首“正氣歌”。
被元軍俘獲不久，他就被押到元軍前線統帥張弘範處。張弘範壹心想勸他投降，文天祥的回答就是反復“請死”。壓山戰後，張弘範問他：“國家已經滅亡。現在殺身成仁，誰來替妳記錄？”文天祥回答：“人臣以死來表達自己的心跡，哪管記錄不記錄。”
至元十六年十月，文天祥被元朝押至大都。與文天祥同樣是狀元宰相的留夢炎先去勸降，受到壹頓痛斥。然後是亡國之君“瀛國公”來勸，文天祥壹見即“北面拜號”，乞求“聖駕”回馭，不讓趙顯開口。於是輪到元朝當國的權臣阿合馬（回回人）視獄。文天祥長揖不拜，徑自就座。阿合馬當時正氣焰沖天，問他：“妳把我當做什麽人？”文天祥答：“剛剛聽人說，宰相要來。”阿合馬問：“既然知道我是宰相，為什麽不下跪？”答曰：“南朝宰相見北朝宰相，為什麽要跪？”阿合馬不高興，對左右隨行人說：“這個人的死生還在我手中。”文天祥說：“亡國之人，要殺便殺，說什麽在妳手中不在妳手中？”阿合馬悻悻而歸。
於是元朝將文天祥長期關押起來，想由此逐漸消磨他的意誌。但事經兩三年，文天祥不改初衷。至元十九年（1282）十二月，忽必烈親自召見文天祥，以元朝宰相或樞密使的高官勸他投效元朝。文天祥仍長揖不肯跪拜，聲言“天祥為宋狀元宰相。宋亡，惟可死，不可生”。同月，忽必烈決定處死他。文天祥得到消息，鎮定地說：“吾事了矣！”神態高揚而不稍變。至刑場，又寫下兩首詩。其二曰：“衣冠七載混氈裘，憔悴形容似楚囚。龍馭兩宮崖嶺月，貔貅萬竈海門秋。天荒地老英雄散。國破家亡事業休。惟有壹靈忠烈氣，碧空長***暮雲愁。”乃從容受刑，死時47歲。