香格裏拉市位於青藏高原東南邊緣橫斷山脈三江垂直谷的東部。沙魯裏山脈從四川甘孜進入縣城，分成兩股分支環繞縣城東西兩側。金沙江從土照壁進入縣城，向南流到金江鄉薩蘇比和麗江石鼓之間，突然轉向東北，直至落基吉信流入四川平子，環繞縣城南部。
香格裏拉已經成為壹個兩端窄中間寬，雪山為城，沙灘為池的雄偉之地。縣城地形總的趨勢是西北高，東南低，其中巴拉格最高點海拔5545米，羅集集信最低點海拔1503米，高差4042米，平均海拔3459米。根據地貌，縣域地形可分為山地、高原、盆地和河谷。
2022年，來自中科院青藏高原研究所的證據表明，以香格裏拉為代表的青藏高原東部高海拔森林景觀，曾經是壹片低地沙漠，直到幾千萬年前才變成現在的樣子。
香格裏拉的水文特征
香格裏拉所有的河流都屬於金沙江水系。除金沙江幹流外，境內還有大小河流244條。其中，碩多崗、杜朗、安樂、白水河、麥迪等年均流量3.7至43.7立方米/秒的壹級支流13條，長545公裏，流域面積8065.9平方公裏，分河段註入金沙江。
香格裏拉有298個高山湖泊，分布在海拔3000-4500米的10畝以上。有東旺鄉的錯誤，有吉尼、、阿旺、當、達摩、措、措、措、蓋公、措、措、措，還有格紮鄉的措。
小中甸鄉的納帕海、蜀都湖、措瓦拉、措久、碧塔海和西山麗措那、阿布吉措、少措、三海，小中甸鄉和金江鄉之間的白海、雙海、黑海，三壩鄉的安南戈格達、九子海、巴哈黑海、海灣海。其中納帕海、碧塔海、蜀都湖、三碧海是面積最大、風景最美的四大高原湖泊和湖泊群。
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