題目中所謂的“靈蘭”原是“靈臺石蘭”的簡稱。相傳，這座“靈臺石蘭”是古代帝王的藏書室。這間密室之所以取名為“明蘭”，清代醫家高世宗的《素問直解》解釋說:“神仙相連，其靈如碧。”也就是說，這個房間與天地之神相通，所以看起來像蘭草壹樣高貴典雅。至於所謂“暗號”，指的是非常重要、珍貴甚至需要隱藏的書籍；可想而知，既然是蘭草這樣的暗號，那壹定是寶貝，當然需要保密。偏偏在這篇文章的最後有壹句話是“玲蘭藏寶的房間”，再次強調了所討論內容的重要性。
這裏特別引用明代醫家馬智在他的《黃帝內經——蘇文證註簡評》中的壹段話:“黃帝末年擇吉日，藏靈蘭室傳寶，故名。”翻譯過來，就是說在這篇文章的最後，專門記載了黃帝特意選了壹個黃道吉日，然後鄭重地把這本秘籍珍藏在“靈蘭密室”裏。後人為了紀念黃帝的這壹做法，顯示此文的重要性，將此文命名為《靈蘭暗碼論》。