1.
修建平陸運河，國家對廣西的財政支持是不夠的。我們知道，挖壹條連接沿海河流的運河，需要大量的人力、物力和財政資金。平陸運河進展緩慢主要是資金和技術不足，平陸運河投資太大(包括征地拆遷，三級航道標準方案需要500億左右)，對於處於後經濟發展地區的廣西來說很難獨自承擔。由於發展規劃側重點不同，前期國家重點建設廣西的高鐵交通，所以國家對廣西建設這條陸海走廊的財政支持力度不夠大。
2.
由於廣東省和廣西部分城市的阻力，平陸運河的修建對兩廣交通發展格局影響很大。可能會面臨廣東省的反對，甚至西江中遊的貴港、梧州等城市的反對。如果平陸運河最終建成運營成功，不僅會減少珠江水量，還會分流廣西內陸港口的河貨從北部灣出口，影響西江中下遊城市的水資源利用和經濟發展，明顯削弱依賴西江航運的城市的交通優勢。