1626年，皇太極繼位後金可汗位。從1631，用了五年時間重建盛京和皇宮。他在原有宮殿的基礎上新建了大內宮，將沈陽中衛市原有的十字形街道系統改為井字形街道系統，從而將宮殿置於市中心。1636年，沈陽內廷，皇帝去汗稱帝，改國號為清。
沈陽故宮的主要建築正式命名為:
“命名宮殿，中宮為清寧宮，東宮為觀羅宮，西宮為林芝宮，東宮二宮為延慶宮，西宮二宮為永福宮，臺東樓為翔鳳樓，臺西樓為龍飛閣，正殿為崇政殿，大門為大清門，東門為東翼門，西門為西翼門，正殿為儒艮殿”。
此後，在清廷大門的東西兩側又建起了文德廣場和武功廣場兩座牌樓，因為牌樓的心臟是“崇德二年孟春紀日立”。
，可以看出是1637年建造的。這也是唯壹壹座清朝入關前有確切日期的宮殿建築。清朝入關後，失去了皇宮的地位。
沈陽故宮的地位變成了首都宮殿。康熙帝和乾隆皇帝東遊時都住在這裏祭祖。乾隆四十六年(1780)增加了西路的建築，包括戲臺上的甲寅殿和存放《四庫全書》的文水閣，中路修建了東所、西所和盛京祠堂。以及入關前對宮內部分地方的改造，最重要的是崇政殿，皇帝東征時曾在此舉行儀式，但殿內的屏風寶座是皇太極遺留下來的，不方便使用，乾隆皇帝下令重修。乾隆九年，奉命在殿前加了日晷和好量。文歲閣等西路宮殿建成後，這裏的建築壹直到清末沈陽故宮都沒有明顯的變化。