解放前，醫院只設內、外、婦科門診和1西藥房，設施極其簡陋，只能進行清創、切排等簡單手術。為避戰亂，醫院廠址幾經變更，醫院名稱幾經變更為浙西二區中心醫院和孝豐縣公立醫院。
解放後，人民政府接管衛生院，改稱孝豐縣人民政府衛生院。1950入駐現醫院，開通首批10床位。此後，在黨和政府領導的支持下，醫院發展迅速。先後建成了門診樓、住院樓、醫技綜合樓、宿舍樓，先後開設了內科、內科、婦科、骨科四個病房和各個臨床、醫技科室，購置了壹大批國內外先進儀器設備。
1958，安吉縣、孝豐縣合並為安吉縣，醫院更名為安吉縣第三人民醫院。到1992，醫院門診量達到17萬人次，開設床位205張，形成骨科、泌尿外科等專科。安吉三院在安徽贏得了安吉、德清、余杭、寧國、廣德等地的美譽。1992被評為二級甲等醫院，榮獲“省級文明醫院”、“全國愛嬰醫院”稱號。
醫院大膽改革，開拓創新，實現了階段性跨越式發展。自籌巨額資金建設了具有現代化壹流醫療設施的急診大樓和住院大樓，購置了美國ge多排螺旋CT、德國CR設備、腹腔鏡、膀胱鏡、TCD、西門子彩超、日立全自動生化分析儀、血液透析機、碎石機、前列腺電切鏡、呼吸機等壹大批國際先進設備。
目前，醫院以骨科、泌尿外科、腦外科、消化內科為四大專科，形成微創內鏡中心、中毒急救中心、血液凈化中心、影像碎石介入治療中心、牙病防治中心等五個醫療中心，承擔11鄉鎮及周邊1省3縣的預防保健和醫療服務。