1)不同教派，即佛教和道教；
2)文殊象征智慧，文昌象征名利。
3)崇拜的方式不同。比如崇拜的物品，擺放，崇拜的語言。
文殊菩薩是偉大的佛教徒之壹，象征著這種智慧。它的肖像和雕像通常手持智慧之劍。文殊菩薩是三佛智慧的化身。可以尊奉、供養、念誦文殊菩薩的名號或咒語，可以增長智慧和口才，消除業障，甚至成就無上菩提。
文昌帝是道教的神之壹，不可能是菩薩。他負責世界文學運動和考試。文昌帝是中國民間和道教所尊崇的掌管文人名利的神。文昌星本名星，也叫文昌星，或衛星，在古代被認為是掌管雲紋名聲的星。成為漢人和道教信仰的文昌帝，與梓潼神張亞子有關。
擴展數據:
拜文殊菩薩:
1)供品:六至十二種素菜、水果(番石榴、釋迦牟尼不可)、三碗素餅、饅頭、紅湯圓、面條、壽桃、香花、冰糖、鮮花、三杯綠茶。
2)祭祀:祭祀時間壹般在午前，有供品，有燈(蠟燭)，有茶有香，有三拜。香燒至三分之壹時，雙手合十拜神，即可撤供品。文殊菩薩既然是佛教的神，就不供肉不供酒。
崇拜文昌皇帝:
1)供品:芹菜(代表勤勤懇懇)、大蒜、洋蔥、菜頭(好彩頭)、桂花、包子餃子、油壹瓶。
2)禁忌:芹菜、蔥、蒜煮的時候不要加肉丸和雞蛋，以免弄個零蛋或者死掉；壹定要記住，拜過的供品壹定要帶回家煮給考生吃，壹定不能變成垃圾。
3)拜神:拜神時，將拜神物品放在拜神桌上，點上壹對“鬥燭”，要壹張金紙。
參考資料:
文昌帝君-百度百科
文殊菩薩-百度百科