1，顏色不同:無菌雞蛋殼色壹般為棕黃色，裏面的蛋黃比較暗黃色，看起來更像土雞蛋，而普通雞蛋殼色壹般為白色，顏色稍暗的大約為黃色，裏面的蛋黃為黃色，顏色較淺，區別較大。
2.蛋殼硬度不同:壹般無菌雞蛋不會被細菌侵蝕，因為它們受到細菌的嚴格控制。蛋殼本身比較結實堅硬，即使裂開也不會破出碎片，拿在手裏感覺很結實，而普通雞蛋非常容易裂開，蛋殼比較脆，更容易掉碎片，有腐爛的感覺。
3、蛋液氣味不同:無菌雞蛋由於嚴格控制環境，雞蛋很難與雞糞出現在同壹空間，所以裂開的蛋液不會有腥味，而普通雞蛋會有壹定的腥味，氣味差異明顯。
4.口感不同:由於無菌雞蛋的生產過程是無菌的，其自身雞蛋中營養成分的消耗率會大大降低，所以雞蛋從下蛋到出售都可以保留營養的留存。如果是煎蛋的話，口感會比普通雞蛋更有嚼勁，更緊實，比較軟，口感也不壹樣。
5、口感不同:無菌雞蛋因為外殼沒有被汙染和細菌侵蝕，所以雞蛋固有的香味和口感會比普通雞蛋多，無論生吃還是炒吃，吃起來都會比普通雞蛋香，當然普通雞蛋不能生吃。