但是，從此以後，日本就沒有了法律意義上的國旗。直到1999年8月，日本國會才通過了《國旗與國歌法》，將《太陽的丸子》和《戴軍》分別定為日本的國旗和國歌。
幕末內戰時期，作為皇帝代表的軍隊的旗幟是紅底金菊旗，是禦旗；而且所有勢力都延續戰國時期的傳統，使用自己的家族紋章旗。明治三年(1870)，該習俗以《太政官公告》最高敕令的形式頒布，稱為“陸軍禦旗”。它有16血紅色的光線，也被稱為“旭日旗”。