水書研究的重大突破令人欣慰，但水書的保護卻難以樂觀。貴州水家學會副會長、水書專家孟喜林告訴記者，貴州省的水書估計有2萬多本，荔波檔案局有6400多本，三都縣有5000多本，還有1000多本散落在民間。由於資金嚴重不足，催收特別困難。雖然力博已經投入了654.38+000多萬，但也只是杯水車薪。而且，水書的研究也逐漸引起了國內外專家學者的關註。日本、韓國等十幾個國家的壹些專家壹直從民間購買水書，壹批珍貴的水書正在流失。
更令人擔憂的是，隨著時間的推移，水書先生的傳承出現了斷層，水書先生的數量正在急劇減少。據統計，中國有1000多位水書先生，但大部分都在60歲以上。
現存水書的註釋和鑒定有利於水文化的研究和傳承，但荔波6400本水書中只有1500本得到了破譯和整理，部分破譯的水書遺本因經費不足無法修訂、審核和出版。姚秉烈憂心忡忡地說:“研究和保護有形的水書都這麽難，更何況水族館裏大量沒有文字記載的古歌，他們根本沒有能力保存。”姚秉烈心裏壹直有壹個願望，希望能建壹個水書博物館，盡自己最大的努力保護水書這壹優秀的民間文化遺產。絕大多數水人不知道水書，知道水書的就尊稱為水書先生，而水書自古就有傳男不傳女的戒律。2007年以前，三都縣有500多位水書先生，沒幾年就有近200位去世了。目前只有300多只，大部分都是上古之年。
近年來，很少有人願意研究，導致水書傳承出現斷層，因為水村很多年輕人外出打工，用水書選吉日、吉日等活動都是免費的，水書選吉、驅邪的功能在逐漸退化。