首先，觀察水質。在硝化菌建立的初期，水族箱裏的水會呈灰白色，非常渾濁。這是因為水體中各種細菌混雜在壹起。為了使硝化菌快速繁殖，需要不斷向水體中充氧，並將溫度提高到20度左右。隨著硝化細菌的增多和其他厭氧菌的死亡，水質會變得清澈透明。硝化系統初步建立。
第二，水族箱的蓋子。初步建立的硝化系統隨時有崩潰的危險，主要是因為硝化細菌的食物太少。有經驗的魚友會往魚缸裏放壹條小死魚或小蝦，觀察缸內的硝化系統和其他系統是否會消耗掉所有的投放物質。這也是檢驗魚缸是否適合養魚的最直接的方法。如果罐內水渾濁，有異味，證明硝化系統已經崩潰，需要換水檢查後重新建立，也可以手動投加硝化細菌。另外，硝化細菌會形成菌膜，吸附在固體表面。妳只需要用手觸摸筒壁或過濾設備，看看是否有滑滑的感覺。
第三，測量水的酸堿度。最科學的方法是魚缸裏的水的硝酸氨含量。如果被檢測水中的氨和硝酸鹽含量為零或極低，基本可以說明硝化菌系已經建立。妳可以從市場上買到監測試紙，或者相關的化學試劑，妳可以自己在家檢測。
4.水下排泄物。硝化菌初步建立，也可以放入價格低廉、生命力強的魚。魚友稱之為缸中之魚，缸中之魚的排泄物能被硝化細菌成功分解，證明硝化細菌早已存在。