不僅保持了大豆的營養價值，富含維生素K2，提高了蛋白質的消化吸收率，
更重要的是，發酵過程產生多種生理活性物質，
具有溶解體內纖維蛋白，調節生理功能的作用。
傳統方法是將蒸熟的黃豆用稻草包裹，浸泡在100度的開水中殺菌。
並在40攝氏度下保持壹天，稻草上常見的枯草芽孢桿菌(納豆芽孢桿菌)由於能產生孢子，耐熱性高。
滅菌過程不被破壞，高溫培養速度還能抑制其他菌種，使大豆發酵後產生粘絲。
這種粘稠的外觀主要來自谷氨酸，谷氨酸被認為是納豆美味的來源。
將蒸熟的大豆與人工培養的納豆菌混合，然後直接放入容器中發酵。
大豆以外的壹些食物也可以做成納豆。
在制作清酒時，如果生米不慎被納豆菌汙染，憑借其快速的繁殖速度，
會抑制釀造所需的酵母。納豆不應該出現在清酒釀造的地方。
其他發酵食品可能也會有類似的情況，所以更要註意工藝。
納豆菌是弱酸性的，會阻礙乳酸菌產生乳酸。淡味納豆已在技術上開發出來，
但由於使用了活性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的繁殖空間。
納豆菌的天敵是會寄生細菌的噬菌體病毒，噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活性。
還可能導致其他細菌開始繁殖，所以要避免食用超過保質期的納豆。
傳統上，納豆先與醬油或日本芥末混合，攪拌至出現絲狀物，盛於米飯上，即為納豆飯。
也有人將納豆與生雞蛋、洋蔥、蓮子、蘿蔔、柴火等食材混合。
有時候納豆會摻糖。用蛋黃醬吃也有創意。
如果不攪拌就加醬，水太多，粘度會降低。
洋蔥和芥末可以抑制納豆氨的刺激性氣味。不習慣吃納豆的以為是爛煮黃豆。