那麽四萬多平米的壁畫到底是畫什麽的呢？這些壁畫都是佛教徒畫的，代表了他們對佛教的堅定信仰，所以壁畫的內容基本上反映了佛教的內容，包括佛教經典、佛教史跡和當地人。壁畫色彩鮮艷，故事生動感人，大致可分為六類。類別1是佛陀的故事:這是任何佛寺或佛教建築群中必不可少的內容，主要講佛陀從出生到涅槃的全過程。在莫高窟，我們可以看到從北梁到北宋五個世紀對佛陀故事的解讀。不同的時代有不同的畫風，不同的側重點。
第二種是凈邊故事:《凈邊故事》是佛教在中國傳播的獨創，用簡單明了的畫面表達了深刻的佛教道理。最典型的故事就是薩達那王子舍命餵虎的故事，連小孩子都能明白其中的含義。第三種是本生故事:用佛教報業的觀點講述國王、貴族、學者、農民、工人、商人的前世，引導人們積極行善。
第四類是智者愚者的因果故事:這是用晚唐佛教的通俗教義創造出來的壹種文體，也是把深奧的佛教原理以漫畫的形式畫出來，讓大家壹目了然。第五類是佛教史跡故事:講述僧人行跡、佛教歷史、佛教方誌、瑞士感受等故事，具有較高的文史研究價值。最後壹類是當地歷史人物的故事，主要講述的是九世紀後回到義軍統治沙洲的故事。