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蒙醫是蒙古族人民長期與疾病作鬥爭的經驗總結，通過吸收中醫和藏醫的經驗而逐漸形成的。蒙醫學中有許多診斷方法和治療方法。蒙藥類似於中藥，主要是草藥，由多種草藥制成。治療疾病采用多種中藥，總結了食療、烤療、搓療、皮脂溢療、皮膚療法、溫泉療法、針灸放血療法、按摩療法等方法。
內蒙古大草原有豐富多樣的植物，其中許多可作為藥用植物。蒙古人在與自然和疾病的長期鬥爭中，逐漸探索和利用這些藥用植物治療疾病、骨折和損傷，積累了豐富的藥理學知識。現代蒙醫是以蒙古族傳統醫學為基礎，吸收漢藏民族精華和古印度醫學理論而形成的具有民族風格的獨立醫學體系。
內蒙古蒙藥最具特色的民族藥用品種有鄧森(文冠果)、烏合日-賽勒斯(蒙古蘿蔔)、阿拉坦花-齊其格(金蓮花)、昂格魯莫斯-比日央古(鄉情蘭)、敏吉依音-蘇裏(紫錐菊)、巴嘎-塔裏諾(瑞香狼毒)、嘎順。
在蒙藥中，麝香、丁香、蓽茇、豆蔻、青蘭、馬錢子、水銀和草烏是最常用的。壹般配伍中若用草烏，多與訶子(Arule)混配。
蒙醫用“何儀”、“希拉”、“巴達幹”的關系來解釋人體的生理和病理現象。所謂“何儀”是指各種生理功能的原動力。所有的思維、語言、動作和各種器官的功能活動都受它支配。如果“何儀”功能異常，會導致臟腑功能減弱，表現為精神異常、失眠、健忘等。“希拉”的意思是性感。
身體的溫度，各種組織器官的熱能，精神上的興奮都是希拉扮演的。“希拉”偏高時，會出現各種熱病，如口苦、吐酸、表情狂躁等。“八大甘”是指體內的壹種粘稠物質，具有寒涼的特性。“八大幹”的功能失調不僅表現為壹般的寒癥，還容易導致水液停滯，各種分泌物增多。