後來，達木博士給了他幾乎是野生的皮卡丘，它拒絕進入精靈球。起初，皮卡丘並不喜歡小智，但小智通過保護它免受兇鳥襲擊，並跑去送它去神奇寶貝中心，贏得了皮卡丘的信任。皮卡丘和小智很快就形影不離了。
在皮卡丘的森林裏，小智同意皮卡丘留在滿是皮卡丘的森林裏，但皮卡丘決定和小智在壹起。
但小智對皮卡丘的期望很高，壹直很用心的培養皮卡丘。他去枯葉館拿橙色徽章。小智被巨大的亭子叫作寶貝，皮卡丘叫作寶貝。道場主認為神奇寶貝講的是進化，但小智認為進化不等於修煉。
皮卡丘完全有可能成為雷丘。但正是因為對我愛的人有各種各樣的期待，我才常常為他們做決定。我們都輸給了小智，因為我們能夠讓對方自己做決定，尊重對方的選擇。
而且首先妳得了解皮卡丘的進化要求。妳需要雷霆之石。沒有雷霆之石，再怎麽打都不會升級。
有壹次肖智想用雷霆之石讓皮卡丘進化成雷丘，但皮卡丘拒絕進化。最終，皮卡丘竭盡全力幫助肖智贏得了這枚徽章。後來，小智再也沒有要求皮卡丘進化。還有壹個重要原因就是進化後的雷丘太無語了，皮卡丘還是可愛的。