至於雨花閣不對外開放的原因，其實要從藏傳佛教的分支說起。雨花閣是密宗建築。人們壹般把藏傳佛教分為憲宗和密宗。其中，憲宗認為佛教是有根有據的起源，而密宗是佛教中比較隱秘、不可說的理論，很多事情外人是做不到的，這也是很少有人能進入其中的原因之壹。
而且在雨花閣的四樓，除了常見的佛像和壁畫，還有壹尊歡喜佛的佛像，在藏傳佛教中負責男女之間的愛情和繁衍的傳承。所以往往有很多隱藏的男女結合的手勢，不適合思想相對守舊的古代大眾。
此外，雨花閣在乾隆年間進行了改建，其布局和設計嚴格遵循了藏傳佛教的密宗風格。無論是窗戶還是屋頂的各種裝飾，都具有濃郁的藏式建築特色，對藏學專家來說是極其珍貴的文物。為了文物保護，現在很少對外開放。