《終極筆記》的結局是吳邪帶上了三叔的人皮面具，假扮成了三叔，而解雨臣去張家古樓營救張起靈。
在結局中，吳邪破解的密碼出現了失誤，但小哥和霍老太太已經拿著那個錯誤的第三道密碼，進入了張家的古樓裏，吳邪十分地自責，他怕小哥有危險，就想回到巴乃去救小哥，但小花阻止了他，小花讓吳邪拿著三叔的人皮面具假扮成三叔，先以三叔的身份活著，然後小花自己去巴乃去救小哥他們。
結局中，還解釋了“它”的含義，原來九門幾代人都任對抗的“它”是壹種勢力，“它”不是壹個人，也不是壹個組織，而是自古以來所有想獲得長生者不老方法的總和，“它”不僅是指汪家，實際上，汪家如此，張家人旁系的人也都壹樣。
《終極筆記》劇集評價
該劇以原著小說4本書的內容改編精簡為36集，以其高度還原原著名場面引起原著粉及觀眾的津津樂道。北京電影學院影視實驗中心教師羅夢舟指出，《終極筆記》真正實現了劇情環環相扣不註水，是行業致力打造短劇集的精品佳作，也為行業IP改編劇樹立了壹個良好的標桿。該劇的青春探險故事、緊湊的懸疑劇情也引發了廣大觀眾紛紛給制作團隊留言催更。
IP改編系列作品想要得到粉絲的認可還是有壹定難度的，此次《終極筆記》的播出不僅獲得原著粉的認可，還因劇中還原原著的諸多場面引起壹眾原著書粉的狂歡，紛紛自發作圖安利。從觀眾的反饋來看，稱得上是壹部改編成功的盜筆IP作品。