菩提子有白色、紅色、黃色、綠色、紫色、黑色、灰色這幾種顏色。
隨著文玩菩提市場的發展，菩提子被作為學佛念經修行的法器或者文人雅士把玩的手串珠飾而備受追捧，品相越好的菩提價值越高，所以在市場上菩提具有很高的收藏價值。正宗菩提子的顏色是多種多樣的，不只有壹種顏色。
白色壹般有菩提根、白玉、銀線、金線、星月等五種菩提，紅色有相思豆、海紅豆、滴血蓮花三種菩提。黃色也有金剛、鳳眼、風化菩提根三種，綠色有陰皮星月、陰皮千眼兩種菩提。紫色有紫金鼠、紫金豬椰兩種，黑色有無患子、阿修羅子兩種，而灰色只有壹種，就是月亮子。
辨別菩提真假
天然的菩提表面未經拋光，觸感粗糙，果實外層摸著較為紮手，而人工合成的菩提子表面經過高強度的打磨，觸感較為光滑。天然的菩提子表面會有分布不均勻的紋路，人工合成的菩提是經過優化處理之後，表面紋路較為均勻，看起來不太自然。
將菩提的壹顆珠子摘下來，放在火上燒，有正常的糊味是真菩提，假的菩提會融化且發出刺鼻的氣味道。如果在購買的菩提子時，顏色和平常看見的相差很大，那妳要多加註意。因為很多商家為了以次充好，會清除籽的壹些外在瑕疵，在表面對菩提進行藥物或化學藥物處理，會造成菩提內部的損壞，所以如果菩提的顏色不對，很可能是假的。