1、殺菌保存：（1）先包裝後殺菌，可將裝入袋中或瓶中的醪糟置於80℃的熱水中30分鐘殺菌。此法對醪糟的口味影響較大，並且殺菌的效果也不太理想，但是方法簡單，容易操作。（2）也可在醪糟未包裝前用瞬時滅菌器滅菌，在滅菌後立即進行包裝。此法在滅菌和包裝過程中可能造成二次汙染，故對環境的要求較高，效果也不是特別好。（3）還可用紫外線燈管在包裝的同時滅菌。此法在殺菌的時候，對原料的厚度要求較高，若厚度大，則殺菌效果不徹底，造成保質期短，但是此法簡單可行，且代價低，只要厚度保持5毫米之內，此法還是很實用的。
2、包裝保存：（1）充氣包裝保存，醪糟屬於黏稠狀的液體，可以采用充氣包裝，只要沖入的氣體能阻止甜酒曲的繼續發酵即可。此法代價稍高，但商品的保質期可以大大延長。（2）真空包裝保存，近年來，市面上出現了壹種真空包裝醪糟的銷售，這種醪糟在殺菌時由於沒有受到高溫的作用，所以在口味和色澤上都很好的保留了新鮮醪糟的特點，效果較好。
3、冷凍保存：放入冰箱保存。千萬不能冷凍，如果冷凍酒曲就會失去作用。
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