裏耶秦簡中有上千枚無字簡牘，但這些無字秦簡依舊具有很高的研究價值。清洗後的裏耶秦簡保存在湖南省考古研究所的庫房裏。袁家榮介紹，對於已經出土的簡牘來說，清洗只是最初的步驟。由於秦簡多為木質結構，因此清洗幹凈後還采用藥水進行浸泡，防止簡牘黴變、蟲蛀，並且對這些秦簡進行脫色脫水處理。簡牘脫色之後，這些簡就會呈現出竹木簡的原色，文字資料就可以留下來，要長久保存這些簡牘，最重要的還是對其進行脫水，這也是簡牘保存中最難的壹點。
這批埋藏了2200多年的秦代簡牘，紀年從秦王政二十五年至秦二世元年，記事詳細到月、日，十幾年連續不斷。而在此之前，中國古代正史中關於秦朝的記錄不足千字。專家認為，裏耶秦簡是極為重要的百科全書般的日誌式實錄，它是繼兵馬俑以後秦代考古的又壹驚世發現，蘊涵著巨大的學術價值。
2002年11月，裏耶古城遺址被國務院增補為全國重點文物保護單位。2008年6月，裏耶鎮被授予全國第二批中國歷史文化名鎮稱號。
根據中國文物研究院編制，國家文物局審批，裏耶古城遺址本體保護面積2.4萬平方米，規劃建設面積4.2萬平方米，總投資1.13億元。
裏耶（秦簡）博物館於2006年由國家發改委批準立項，距裏耶古城遺址1公裏，占地面積3.6萬平方米，總建築面積7200平方米，總投資1.2億元。除了收藏秦簡外，還將展示當地出土的文物古跡和民俗文化，是當代中國對於秦漢時期歷史研究的重要資料庫。裏耶秦簡博物館及裏耶古城遺址在2010年10月正式對外開放。