過去，人們認為這些洞穴是地下水溶解和沈澱的結果。喀斯特洞穴都是碳酸鹽巖，非常堅硬，但由於長期浸泡在地下水中，特別是水中含有二氧化碳時會溶解。就這樣，年復壹年，堅硬的巖層被溶解成洞穴。當其中溶解有鈣質的地下水再次滴入洞穴時，由於環境中溫度和壓力的變化，水中的二氧化碳逸出，因此水對鈣質的溶解力降低，部分原本溶解在水中的鈣質因過飽和而沈澱突出，久而久之，形成了形狀各異的鐘乳石、石筍和石柱。
然而，這壹傳統觀點不久前遭到了中國科學家的強烈挑戰。我國洞穴科學家經過5年的考察，發現洞穴的形成與藻類生物密切相關，並由此提出了新的洞穴形成理論——“生物建造理論”。
根據“生物建造論”，藻類是地球上最早的原始植物，至今仍廣泛分布。它們具有與其他植物相同的光合能力和向光性生長特征。因為它們在生長發育過程中分泌鈣，可以收集和粘結細小的鈣質顆粒，經常群居，許多藻類世代生長在壹起，從而形成許多海洋生物礁。洞內幾乎所有的鐘乳石都逆光向上彎曲，這與藻類的趨光生長特性壹致。鐘乳石和石筍也有類似樹木年輪的同心結構，這是藻類逐年生長、分泌、收集和粘結鈣質顆粒的結果。此外，在壹些洞穴的巖石中還發現了類似古藻類的層狀化石結構。在壹些洞穴的表面，發現了多種藻類，至今仍在生長。
所以，各種鐘乳石、石筍、石柱的形成，應該是在漫長的地質歲月中，主要由藻類構築而成，再經過後期的石化，才會呈現出今天的模樣。