中國科學院上海應用物理研究所所徽如右圖所示：
標識整體造型質樸簡約、靜動相生、線條流暢，富有動感，具有極強烈的時代感和視覺沖擊力，傳達出了壹個現代化研究所的嶄新形象。
線條和環形代表了加速器的兩種基本工作模式。三個弧形線條寓意了應用物理所的三個層次的工作和三個學科領域。弧線暗示著物質的流動，事物的延續。向上突破的造型，猶如壹種能量的迸發，沖破束縛，攀登科學的新高峰。又從另壹方面體現出了應用物理所人積極進取的向上精神。三條色彩從圓環中沖出、象征著創新、突破和進取。
整體外形好似英文字母“A”和“P”，突出了“應用”（Applied）、“物理”（Physics）所的學科特點——格物致用。
標識以光的三原色紅、綠、藍為主色，壹方面體現了應用物理所紅墻綠樹的研究所（科技藍）園區風光，另壹方面寓意著應用物理所多學科交叉的研究方向。 歷任所長 職務姓名任職時間所長 蘇平 1960.11 所長 張家驊 1981.9 所長 程曉伍 1984.5 所長 楊福家 1987.8 所長 楊福家 1992.7 所長 楊福家 1996.11 所長 徐洪傑 2001.5 所長 徐洪傑 2005.6 資料來源： 歷任黨委領導屆數職務姓名任職時間備註 黨支部書記 蘇平 1959.8 籌備處黨支部 黨總支書記 蘇平 1960.8第壹屆 黨委書記 蘇平 1961.1第二屆 黨委書記 蘇平 1963.10黨委書記 陳子雲 1970.11 文革期間 黨委書記 韓誌青 1973.7 第三屆 黨委書記 韓誌青 1978.6第四屆 黨委書記 程國藩 1981.4第五屆 黨委書記 馬群 1984.6第六屆 黨委書記 巴延年 1986.12第七屆 黨委書記 晏秀英 1993.1－1996.11第八屆 黨委書記 沈文慶 1997.10第九屆 黨委書記 陸曉峰 2002.1 未設副書記 第十屆 黨委書記 陸曉峰 2006.3－2008.9 未設副書記 黨委副書記 李燕 2008.9 副書記主持工作 資料來源：