蛇並不是突然失去功能性肢體的。化石記錄顯示，最早沒有腳的蛇是巴塔哥尼亞蛇恐懼癥，出現在大約8500萬年前的白堊紀晚期，當時恐龍統治著世界。考古學家在巴塔哥尼亞高原的紅砂巖中發現了壹種害怕蛇的化石。這條蛇大約有成年人那麽高，它近乎完整的骨架表明它沒有腳。
但同時期的其他蛇都有四肢，而且大多生活在海洋中。科學家今天在耶路撒冷附近的海洋沈積物中發現了化石，並且發現了有莢的蛇。哈格裏夫斯就是其中之壹。幾乎保存了完整的後肢，後肢由股骨、脛骨和腳骨組成，但這些後肢的功能尚不清楚。
總的來說，這些化石表明蛇的進化在白堊紀晚期進行得如火如荼。長而彎曲的身體和極窄的肢體形態，在這個時期基本已經確定。
美國研究人員發現，蛇四肢的消失與壹個關鍵基因有關。研究人員將壹種蛇基因與老鼠基因連接起來，結果是壹只體型正常但四肢短小的老鼠。
在實驗中，蛇形鼠體內含有的蛇基因含有壹個DNA片段，這個片段被稱為ZRS調控基因。ZRS對小鼠後肢的形成非常重要。這個基因只要出現壹個突變，就會引起身體異常。這種基因在爬行動物中尤為重要，在進化過程中通常保持不變，但在蛇類中變異程度很高。
在壹些原始的蛇中，如蟒蛇，仍然存在ZRS基因序列，因此在這些蛇的下肢後端有後肢的痕跡。深度進化的蛇，後肢骨頭壹點不剩。