聯合艦隊、中國艦隊、西南艦隊、東南艦隊、東北艦隊、中太平洋艦隊、10艦隊、1機動艦隊都是指揮機關。
下屬海軍部隊有:1-9艦隊、1-3中國派遣艦隊、1-4南派遣艦隊、1警衛艦隊、訓練艦隊和1航空艦隊。另外，第2、第3、第5、10 ~ 14航空隊不是海軍部隊，而是陸基空軍。
日本海軍艦隊的番號很多，這是因為日軍把平時編組和任務編組混在壹起。
中送艦隊和南送艦隊都是有任務傾向的行政編隊，尤其是對於區域任務。
在太平洋戰爭時期的1-9艦隊中，1艦隊是聯合艦隊(聯合艦隊司令兼司令)的影子，是日本海軍的臉面，但毫無用處。
第四艦隊和第八艦隊在外南海打了幾次海戰:珊瑚海、薩沃海和瓜達爾卡納爾海。7月1942後，第4艦隊駐紮在太平洋中部，第8艦隊駐紮在所羅門群島海域。
新幾內亞海域的第9艦隊和中國的第7艦隊壹成立就駐防。
第5艦隊長期在北方海域，科曼多群島壹戰失利，1944，10年6月南下參加萊特灣海戰，在蘇裏高海峽潰逃，後解散。
第六艦隊是潛艇編隊，隸屬於部門司令部。
真正走遍大洋的只有第2、第3艦隊，這兩個艦隊在日本投降前就解散了。
戰爭前期的1空中艦隊是航母編隊，在南方作戰和中途島戰敗後取消，歷史只有1年零3個月。
參考鐵血——二戰時日本海軍艦隊知道多少。