馬屬起源於6000萬年前的新生代早第三紀，其原始祖先為原始有蹄獸，身材矮小，四肢均有五趾，中趾發達。生活在5800萬年前第三紀始新世早期的石新馬，或稱祖先馬，身高約40厘米。前肢較低，有4個腳趾；後腿高，有三個腳趾。簡單的牙齒，適合熱帶森林生活。進入中新世後，幹燥的草地取代了濕潤的灌木，馬的功能和結構發生了明顯的變化:體格增大，四肢變長，變為單趾；牙齒變得又硬又復雜。經過新馬、中新馬、上新馬的逐步演變，直到第四紀更新世才出現單蹄高體的大馬。
家馬是由野馬馴化而來的。中國是最早馴化馬的國家之壹。從黃河下遊山東、江蘇的大汶口文化期、仰韶文化期的遺物中，證明在6000年左右，已有幾個野馬品種被馴化為家畜。馬比狗和牛更晚被馴化。