冬瓜比較耐貯藏，貯藏適宜溫度為10～20℃，相對濕度為85％左右，貯藏方法主要有室內地面堆藏和架藏兩種，管理得當貯藏期可達4個多月。
1、采摘
在早晨瓜體溫度低時采摘。為防止損傷，避免病菌入侵，宜用剪刀剪藤，留下3厘米長的蒂。雨後瓜體水分含量過高，不宜采摘。搬運、裝卸時必須輕搬、輕裝、輕運、輕卸，切勿丟滾碰撞，否則容易造成倒瓤損傷，不利於貯藏。
2、選瓜
選擇瓜形大而端正、兩端大小基本壹致、無病斑蟲害的瓜貯藏。這樣的瓜皮厚肉堅、內部瓜瓤組織結實，水分含量相對少壹些，抗病力強，較耐貯。
3、貯室消毒
選擇陰涼、通風、幹燥房間作貯室。每立方米貯室空間燃燒硫磺5～10克進行熏蒸，密封貯室24小時。也可以用1％～2％福爾馬林液噴灑地面、周壁。
4、堆放
地面先鋪上壹層麥稭或稻草，再堆瓜2～3層。擺瓜盡量使瓜保持在田間生長時的狀態，原來臥地生長的要平放，原來是吊著生長的要蒂柄自上直立放。每堆之間留有空道，以通風散熱。
5、貯期管理
貯藏期間註意通風換氣。晴天敞開門窗，保持室內空氣新鮮、幹燥、涼爽。天氣變冷，室內溫度過低時，在瓜堆上覆蓋稭稈或稻草，防寒保暖。經常檢查瓜堆，發現黴爛瓜及時挑出，防止瓜病蔓延。在貯藏室內用竹竿、木料搭壹層層的貯藏架，每層架先鋪稭稈再擺瓜。這樣可以增加貯窒貯瓜量，還有利於室內通風透氣。