65438年至0930年在成都創辦東方藝術學院，任國畫系主任、副校長、校長，主辦藝術研究刊物《太陽在東方》。
山水畫大師黃應邀來川講學，為巴蜀畫風註入了壹股清新之氣。二十壹歲回川，組織容社、國光書畫社。還開辦了浣花草堂書畫社，舉辦書畫展。它的山水畫在西南很有名。新中國成立後，加入成都市美術家協會，任陜西《西北畫報》主編。
1949後，曾是中學老師。1952，去Xi安擔任《西北畫報》美術編輯。1955調入四川美術學院，從1956成為四川美術學校教授，1987退休。
十年浩劫期間，馮建吳被打成反動學術權威，關了“牛棚”，還被剃頭遊街。
文革結束，馮建吳年近古稀，致力於書畫創作和改造。他立即繼續他中斷的書畫革命。年老多病的他壹心撲在書畫上。長期教授山水、詩詞、書法、篆刻。兼任中國書法家協會理事、四川省美術家協會理事、成都畫院副院長、四川美術學院教授、四川省政協常委。主要作品有《奔騰》和《蜀中肖春》，多次在國內外展出。
1979年為聯合國中國館作《峨眉天下第壹》巨幅畫，人民大會堂四川館所繪《鄂陵趙輝》獲省優秀作品獎。1982舉辦個人書畫展。
有的《詩稿》、的《篆刻稿》、的《詩話》、的《畫集》、陸的《山水書法技術基礎》和《甲骨文合集》。四川省高等教育電教中心與四川美術學院合作攝制了教學電影《老馬出，誌在萬裏——畫家馮建吳訪談錄》，作品《海心亭》、《古銀杏》被中國美術館收藏。