裂紋：南紅裂紋的多少和深淺會影響到南紅瑪瑙價值。如果裂紋較多、較深，南紅的收藏價值會大打折扣;但如果裂紋較少，裂的不深，在雕刻師巧妙的設計下挖除或利用也是非常好的，對其價值影響不大，有的時候還能增加欣賞價值。
雜質：南紅瑪瑙形成環境影響，有時會伴有黑點狀雜質。有這種雜質的南紅收藏價值會變低。不過僅僅壹兩點，在精湛的雕刻師設計下會有畫龍點睛之筆，倒是沒什麽大的影響。
水線：天然南紅瑪瑙比較常見，少部分人將其看成是南紅中的壹種瑕疵。很多人認為有水線的南紅瑪瑙質地會更加的細膩致密，覺得水線反到是好的證明。水線對南紅瑪瑙收藏價值不能壹概而論。
棉：與和田玉壹樣，南紅瑪瑙的瑕疵中也有棉這種狀態，有呈霧狀、花狀等，如果壹塊南紅料子棉分布範圍較廣，較深，則會成為影響南紅瑪瑙價值的因素之壹，但如果是壹小部分，並且非常集中在壹起，在雕刻師的巧作下也是可以規避這種瑕疵的。