口袋妖怪綠寶石神通力在秋葉鎮。首先在紫堇市去往秋葉鎮，經過熱焰小徑之後的道路上會遇到壹個黃頭發的小帥哥上去和他對話，對話之後小哥壹陣恐慌，因為這小哥只帶了壹只寶可夢，36級的大嘴蝠很輕松的就可以戰勝這個小哥，就可以獲得神通力了。
口袋妖怪綠寶石的遊戲劇情
遊戲的主角是壹個剛剛搬家到未白鎮的孩子。在遊戲之初，主角可以自小田卷博士處選擇木守宮、火稚雞和水躍魚中的壹只作為自己的初學者神奇寶貝。
主角的朋友兼勁敵也是壹位神奇寶貝訓練家，不時會挑戰主角。遊戲的兩個主要目標是戰勝道館訓練家最終成為聯盟冠軍和通過收服進化交換神奇寶貝來完成神奇寶貝圖鑒。
在旅途中他們遭遇了火巖隊和水艦隊，前者想要借助固拉多擴張陸地，後者企圖操縱蓋歐卡擴張海洋。在兩者召喚出各自的超古代神奇寶貝後。
固拉多和蓋歐卡並未服從命令，開始大戰，將世界置於水火之中。主角喚醒了傳說中的神奇寶貝烈空坐，後者平息了固拉多和蓋歐卡的憤怒。主角在進入殿堂後可以邂逅全豐緣地方四處遊走的拉帝亞斯和拉帝歐斯，並訪問大挑戰地方。