元古宙（Proterozoic，符號PR），又稱元古代、原生代，是地質時代中的壹個時期，開始於同位素年齡2500Ma（百萬年前），結束於542.0±1.0Ma。。這個時期已經發現了許多菌類、藻類植物化石和古代微生物化石，因此也被稱為“菌藻時代”。
元古宙包括了古元古代、中元古代、新元古代。元古宙中期發生了全球性的大冰期，世界各地都發現了冰川遺跡。在元古宙末期，開始出現了腔腸動物、環節動物和節肢動物，但這些動物都沒有堅硬的骨骼，所以化石上只是留下印痕等遺跡。
元古宙也曾發生廣泛的地殼運動，在前期是地球主要的造山時期。在中國北方為“呂梁運動”。元古代時期的地層中蘊藏有豐富的鐵礦、銅礦和稀土金屬礦物。
元古宙屬於前寒武紀（也是元古宙較不正式的名稱），上壹個宙是太古宙，下壹個宙是顯生宙。
藍菌的系統發育分類仍未確定，根據色素種類可單分出類似植物的葉綠體，含有葉綠素a和葉綠素b的原綠藻類，根據形態可分為色球藻目（Chroococcales）、寬球藻目（Pleurocapsales）、顫藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分類可能除真枝藻目以外均非單系群，有待進壹步研究。形態分類可參見細菌分類表。 是發現年代最早的化石。