明朝滅亡後，吳裕泰轉投清朝，在崇禎皇帝統治時期做了壹名軍官。在清軍對抗明鄭之戰、三藩之亂中立下汗馬功勞，成為清軍名將。他率領清軍在閩臺兩省作戰，屢戰屢勝。他以奇兵戰術擊敗荷蘭軍隊，大獲全勝，為清朝奪取了臺灣省，為清朝在臺灣省建立的基業打下了堅實的基礎。
吳裕泰不僅是壹位優秀的將軍，也是壹位高瞻遠矚的政治家。他主張貴族應該回到自己的領地，以維持穩定。他有很高的軍事、政治、經濟才能，被譽為“三絕”:壹絕兵法，壹絕治軍之策。
吳裕泰晚年辭官隱居，潛心著書，收藏文物。他還開辦了三所私塾，培養了很多後來的人才。死後封太保、太子太保，謚號文忠，葬於武進縣陳家橋村西雲谷山下。