細菌大王是這部動漫中的反派，它平常很愛幹凈，渴望變得強大，能擁有強大的力量。空間站裏面喜羊羊的爸爸媽媽為了阻止細菌大王變得強大，準備封細菌大王，哪知道被調皮的冰冰羊闖進了封印室裏面，用自己封印了細菌大王。冰冰洋的父母為了保護冰冰羊兒，而把冰冰羊送往了青青草原尋找她的哥哥喜羊羊。細菌大王得知封印他的冰冰羊來到了青青草原，隨後他也跟著冰冰羊壹起來到了青青草原。
細菌大王由此展開了對冰冰羊的追捕。他壹直渴望把冰冰羊抓住，好解開自己的封印，讓強大的能量回到自己的體內，但卻屢次被青青草原的小羊們阻止。他想了很多辦法來抓冰冰羊，有變成玩具小熊，有變成汽車，用這些套路來吸引冰冰羊的註意，但都被小羊們破壞了。
細菌大王覺得自己太弱小，總是被小羊們欺負，這樣下去解開封印遙遙無期。他住在灰太狼的房頂上，想到了可以控制灰太狼，讓灰太狼代替自己抓住冰冰羊。他控制灰太狼制作強大的武器，但被小羊們發現，最後細菌大王還是功虧壹簣。他見小灰灰跟冰冰羊的關系非常要好，兩人還約定壹起去野餐，細菌大王聽到這個消息和激動，他的機會又來了，於是他趁小灰灰不註意便控制了他，利用小灰灰把冰冰羊帶離小羊們的身邊。
他，他是利用小灰灰帶走了冰冰羊，可不料卻遇到灰太狼，灰太狼壹直跟在小灰灰和冰冰羊身邊，細菌大王根本就沒有機會接觸冰冰羊，直到冰冰羊被小羊們接走。在細菌大王非常絕望之際，他的夥伴大腸桿菌和蘑菇菌，都來到他身邊輔助他，有了他們的幫忙，細菌大王離自己的解開封印的機會又更近了壹步。細菌大王會抓到冰冰羊並成功解開封印嗎？