人類補完計劃在動畫片中卻始終沒有給出明確的答案。
比較通行的觀點是：人類（無論是肉體還是心靈）都是由脆弱的物質構成的，所以也就非常容易受到傷害，而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地“莉莉絲之卵”中。
唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，使不同的心靈世界能夠相互補充，走向進化的終點——成為永生的“神”。人類補完計劃就是為了實現這個神聖目的而創立的。
劇情簡介
故事描述的是壹個有關“第二次沖擊”的記事。公元2000年有顆巨大的隕石墜落在南極冰山附近（政府宣稱），高溫造成部分冰塊溶化，連帶使得全球水位上漲，接下來的天災人禍更是連綿不斷，公元2015年又出現了新的入侵者，壹種似人的巨大機械戰鬥群，人們將之稱為”使徒”。
大概是影射他們是上帝派來的使者，要來消滅作惡多端的人類吧。人類此刻的各種軍事武器對使徒可說是毫無用處，為此，當時地球的政治中心決定重用NERV這個組織，他們以最精密的技術，花費巨資研究出壹種以駕駛員的神經直接控制的”泛用人形決戰兵器”。
這種高科技產物將駕駛員與機器做了精細的契合，籍由意誌及身體的反映來控制EVA。不過由於當時這些技術還在研發階段，所以有許多障礙還無法立即克服。而且因為並不是每個人都能自由的駕駛EVA。
駕駛人選壹直是NERV最頭疼的地方，除了符合條件的人難覓，而且還必須經過幾個月訓練才能和EVA達到同步活動的基本能力。而後，在世界上發現了3名可以駕駛EVA的少男少女，人們把希望都寄托在了他們身上。