《幽靈公主》的主題是人與自然的關系，描述了人類為了發展科技實力，不斷破壞自然，從而遭到自然的報復，並為此付出代價的故事。
電影評價
宮崎駿其人導演的《幽靈公主》聚焦於人類與自然的鬥爭，講述了人類戰爭的殘酷和無情。人類追求生存和幸福的本能是與自然界其他種族沖突的根源，尤其是在人類開始掌握高等科技之後。在宮崎駿其人的作品中，人、自然和人之間的關系表現得淋漓盡致。
宮崎駿其人把“人”和“自然”看作是永遠不能互相妥協的兩個極端，認為人類必須破壞自然才能獲得自身的生存。影片中，阿席達卡為了協調雙方的和平，壹度在人神之間周旋，但最後也是悲劇結局，人神兩敗俱傷。
阿席達卡還說:“我已經盡力阻止了，但最終還是失敗了。”但是，無論人與自然的互存問題能否解決，人類首先要做的是生存。影片的最後，獨角獸獸神的死亡讓萬物重生，人們不得不開始新的生活。阿席達卡對桑說:“我們必須生活在壹起！”再次重申了全劇的主題。