當然不能隨意殺人，袁崇煥殺了毛文龍，引起了皇帝的不滿。
其實尚方寶劍早在漢代就已經出現了，因為其鋒利無比可以斬馬，所以當時叫做“尚方斬馬劍”。在唐朝時士兵用的陌刀，很有可能就是斬馬劍，可惜沒有實物保存下來。等到了明朝，就由尚方斬馬劍演變成了尚方寶劍。
太祖朱元璋把寶劍賜欽差大臣，其實寓意見寶劍如見皇帝，“上打君不正，下打臣不忠”。但真要是拿著它去隨意殺人，那皇帝可就不幹了。
其實明朝末年國勢衰微，其中將軍毛文龍開鎮皮島，牽制後金功不可沒。皮島位於後金海上咽喉要道，地理位置十分重要。尤其是大明城池接連失陷時，它牽扯後金大後方的作用就更大了，毛文龍在此監督後金，以防後金在大明後方作亂。
毛文龍自恃功高，驕縱跋扈，還虛報部隊人數，貪汙軍餉，把自己家人都安排進了軍隊來當官。袁崇煥的原則是：“不可用則殺之！”當袁崇煥成了毛文龍的頂頭上司時，第壹個就拿他開刀，袁崇煥十分看不慣毛文龍這種作風，甚至與明朝內閣次輔錢龍錫交談時，就曾說過用崇禎賜予的尚方寶劍殺了毛文龍。
其實當時的袁崇煥手下大將眾多，確實小瞧了毛文龍，毛文龍雖然貪，但他是鐵了心抗後金的。在當時的情況下，毛文龍罪不至死。其次毛文龍死後，後金心腹大患被除，不用再擔心後方遭襲，僅僅數月後，清軍就直逼明朝首都。毛文龍苦心經營了東江十余年，兵將壹心。他被殺後，士兵群龍無首，即使袁崇煥增加兵餉依舊難以挽回軍心，甚至有的還投敵去了。
這都給朝廷帶來了影響，最重要的是沒有請示皇帝。