(1)過敏反應:青黴素類獸藥在動物身上使用壹般無不良反應，但個別家畜偶有過敏反應，如蕁麻疹、水腫等，嚴重者可引起過敏性休克。馬、豬出現出汗、焦慮、肌肉震顫、流涎、呼吸困難、站立不穩、心跳加快、抽搐等癥狀。如出現上述癥狀，應立即停用青黴素類獸藥，可用腎上腺素註射液或氫化可的松進行搶救。
(2)使用青黴素鉀鹽時，應註意畜禽等動物血鉀的變化，壹般禁止大劑量使用，尤其是血鉀高的動物。
(3)不宜空腹註射，以免受影響動物因低血糖而昏厥。
(4)不應與四環素類、氨基糖苷類、多粘菌素E、兩性黴素B、磺胺鈉鹽、碳酸氫鈉、維生素C、去甲腎上腺素、阿托品、氯丙嗪混合使用。
(5)劑量不可隨意增加。使用大劑量或超大劑量的青黴素類獸藥，可幹擾凝血機制，引起中樞神經系統出血或中毒，引起動物驚厥、大小便失禁，甚至癱瘓。還能使耐藥菌迅速產生分解青黴素的β-內酰胺酶。因此，在獸醫臨床中，應嚴格掌握正確的使用方法和劑量，不要隨意增加劑量來對付耐藥菌，而應改用其他有效的抗菌藥物。確因病情需要增加劑量時，應嚴格控制在每日2000萬單位的有效範圍以下。
(6)青黴素類獸藥應隨時可用。因為青黴素類獸藥在幹燥狀態下比較穩定，常溫下溶解時間越長，效價越低，分解產物越多，致敏物質越多。所以要立即使用青黴素類獸藥，保證療效確切，副作用小。