《四庫全書》編纂完成後，最初用了六年時間抄寫了四本原版。除壹個文遠館外，其余三部分分別存放在文遠館、金文館和文水館，四館又被稱為“北寺館”。後有三冊藏於文宗閣、文慧閣、溫嵐閣，稱為“南三閣”。七本書已經丟失或被圖書館收藏。文遠館現藏於臺北故宮博物院。
《四庫全書》連同欽定的《古今圖書集》進入西藏文遠館，按照經史子集分四部分擺放。以經學為首的22部經學著作和《四庫全書總目》考證、欽定本《古今圖書集》放在第壹層，皇帝寶座設在中間，作為講學的地方。二樓有三個房間與壹樓相連，四周是地板、書架和歷史系的33本書。二樓漆黑壹片，光線極其微弱，只能藏書，不利於閱讀。三樓除了西端的樓梯間外，其他五個房間都是相通的，每個房間都被前後的立柱與書架隔開，寬敞明亮。這裏存放著22本兒童用書和28本藏書，還設置了明代的禦榻，供皇帝隨時入閣。乾隆皇帝以如此豪華的藏書為榮，曾作詩壹首:“丙申高幹歌，今幸書成架，……”。按照清宮的規定，愛好古籍、勤於學習的大臣、官員，經允許可以到館內看書，但不得損壞書籍，也不得將書籍帶出館外。