明城墻歷史博物館集中收藏了明代碑刻城磚及眾多相關文物和文獻，有600多種標本城磚，其中就有明代宮廷專用的“金磚”。南京城墻上的磚刻蘊含著豐富的文化內涵，是極其珍貴的歷史文物。該博物館還收藏了壹些文物，如明故宮博物院的地基樁和古代戰爭中使用的基石。館內有南京城墻基本陳列，系統介紹了南京城墻的歷史沿革、建築特點、在中國和世界城市發展史上的地位和價值。觀眾往往對展覽中的幾件藏品特別感興趣:最有趣的是壹根粗大彎曲的老樹根，是在1994維修太平門段城墻時偶然發現的。由於樹根年復壹年地依附在城磚上，頑強地生長在墻縫裏，城磚的樹皮上清晰地顯影著“壹片金田”的字樣，讓人不禁好奇。另壹件珍貴藏品是壹塊刻有“洪武元年”字樣的城磚，為人們研究南京城墻的修建歷史提供了確鑿的證據。同時也隱藏著壹個玄機:明初“元”字是禁忌，“元”字被“元”、“玄”所代替。為什麽朝陽門上突然出現了這塊城磚？現在還不得而知。另壹個展品是壹個面帶微笑的惡棍的頭像。是在1957的拆遷現場發現的。當時壹塊刻有“懷寧郡”字樣的城磚被打碎，期間出現了這個似笑非笑、性情古怪的人的頭像。它夾在城磚裏是什麽意思？這似乎是另壹個謎。在實踐中，博物館專業人員不斷加強研究，深入挖掘南京城墻豐富的文化底蘊，努力使博物館的業務建設達到更新更高的水平。