五府：
明朝中軍、左軍、右軍、前軍、後軍五都督府為五府。是統領全國軍隊的最高軍事機構，各府只有統兵權，調兵之權在兵部，每逢戰事發生，由皇帝命將為帥，調領五軍都督府所轄衛所之兵佩印出征。
六部：
吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部（按順序）為六部。
六部各設尚書壹人，直接對皇帝負責，尚書之下有左右侍郎（副部長）、郎中（司長）、主事等。吏部負責官吏的管理，考核，升遷等。戶部有十三個司，分別管理各地的收支與報銷。禮部主管國家兇吉大典，教育與考試，招待外賓，宴勞功臣等。兵部管理天下軍政（軍令由五軍都督府管理）。刑部管理天下刑名。工部管理建築、後勤、水利、制造等。
都察院
最高的監察、彈劾初及建議機關。