《庚子風雲》講述的是公元1900年及中國歷庚子年，八國聯軍攻占北京，並占領紫禁城，皇太後慈禧為避禍攜光緒帝、大阿哥等人倉惶逃離皇宮，來到西安，最後又安全回宮的故事。
慈禧太後臨行前，由於政治立場不同的仇恨，將光緒皇帝深愛的妃子珍妃推入井中殺害。而當太後歷盡千難萬險來到古都西安時，卻發現當地戲班的花魁白牡丹竟和珍妃長得壹模壹樣！而這位本名斯琴的白牡丹卻與在慈禧太後等人逃難至西安這條西行路上，給予了他們莫大幫助的壹位從歐洲留洋五年回國的愛國青年陳然有著夙世姻緣，同時她也和陜西巡撫韓雨軒同樣有著千絲萬縷的關系。
太後在經歷了饑寒交迫、土匪掠奪等種種困難，來到西安之後，她所要做的第壹件事就是拔除西安舊有勢力，由她取而代之，她才能夠借此謀圖東山再起，重回北京。所以她最大的敵人就是陜西巡撫、西安當地最高行政長官――韓雨軒！
而這位巡撫的情敵陳然，他的父親是西安首富陳家樂。陳家樂和韓雨軒是世交，他為韓雨軒鞍前馬後為虎作倀二十多年，在韓雨軒的庇佑下，他成了西安第壹富豪；同時又在他的幫助下，韓雨軒以權謀私，貪贓枉法，也依舊高枕無憂步步高升。
但是，使兩家世交的關系出現第壹道裂痕就是陳家樂的二兒子陳然愛上了同樣被韓雨軒壹見鐘情的戲班花旦斯琴。陳然要將斯琴娶回陳家，而作為陳家樂，無論如何也不能允許壹個戲子堂而皇之的成為他嫡傳長子的妻子。而韓雨軒，更不能眼睜睜地看著心愛的女人和另壹個青年才俊雙宿雙飛。