1937盧溝橋事變後，日軍入侵北京，但因為當時協和醫院是美國控制的機構，所以北京人化石還“安全”在這個“保險箱”裏。
到1941，日美關系越來越緊張。為了防止“北京人”化石被日本搶走，協和醫院負責人決定將化石暫時送往美國。當時不僅有“北京人”頭骨化石，還有“穴居人”和猴子等壹些珍貴的化石。
1941 2月初，裝在兩個大木箱裏的化石交給了即將離開北京撤回美國的美國海軍陸戰隊。65438年2月5日，該部隊乘火車離開北京前往秦皇島，計劃在那裏搭乘預計8日抵達香港的美國輪船“哈裏森總統”號前往美國。
無獨有偶，65438年2月8日珍珠港事件爆發，日軍迅速出動，占領了美國在北京、天津、秦皇島等地的相關機構。此後，“北京人”頭骨下落不明。
“北京人”頭骨化石的消失，又壹次像剛剛被發現時壹樣震驚了世界。
“北京人”的頭骨化石在哪裏，不得而知。