黑仔3玩家將扮演特工47，歷史上最好的終極刺客之壹。遊戲的故事從巴黎開始，47發現自己嚴重受傷，處於危險之中。
背景設置
這個故事是以1950年代為背景的，當殺手47做特別調查員的時候，有壹個非常特別的五人小組。這五個人有著相同的出生背景。他們加入了法國特種部隊，研究如何利用病毒程序讓無生命的生物私下生存和戰鬥。雖然他們的基地最後被發現了，但這5個人都沒有死而逃生。
另壹方面，在羅馬尼亞的公立醫院裏，壹位名叫奧特邁爾的醫生成功研制出壹種可以減緩人類衰老的血清，這對他們五人小組的研究有很大幫助。當然，這個醫生成了很多團體的目標，而他恰好在47號遇到了在歐洲值班的醫生，很快就被卷入了血清的爭奪戰。
這個故事主要描述了殺手47的殺手生涯歷程。雖然47號最後選擇了消失，消失，但是隨後發生的事情讓他覺得有金錢價值的生活和任務比躲躲藏藏的生活要好得多，這也是殺手47成功的原因。